基因页：CD47

概括?
基因ID 961
Symbol CD47
同义词 IAP|MER6|OA3
描述 CD47分子
参考 MIM:601028|HGNC:HGNC:1682|Ensembl:ENSG00000196776|HPRD:03017|Vega:OTTHUMG00000044216
基因type protein-coding
地图位置 3Q13.1-Q13.2
Pascal P值 0.005
Sherlock P值 0.093
Fetal beta -0.871
eGene Meta
支持 细胞粘附和透射信号传导

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
PMID:cooccur 高通量文献搜索 系统搜索PubMed的genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
GSMA_IIE 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） Psr: 0.04359
GSMA_IIA 基因组扫描荟萃分析（所有样品） Psr: 0.04047
Expression 基因表达的荟萃分析 Pvalue: 1.418
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释


Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
GYG1 0.85 0.84
SDHD 0.84 0.80
ATPAF1 0.82 0.84
CTBS 0.81 0.77
PEX19 0.81 0.79
higd1a 0.81 0.84
TMX2 0.80 0.82
赫尔克6 0.80 0.78
希巴德 0.79 0.84
ME1 0.79 0.82
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
ano8 -0.55 -0.59
UPF3A -0.54 -0.63
SH3BP2 -0.54 -0.67
GMIP -0.53 -0.48
vav2 -0.53 -0.53
ZNF311 -0.52 -0.55
CHD3 -0.52 -0.51
CCDC123 -0.52 -0.52
KIAA1949 -0.52 -0.52
VASH1 -0.52 -0.56

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005515 protein binding 新闻学会 15383453
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0007155 细胞粘附 IEA -
去：0007229 integrin-mediated signaling pathway 塔斯 8294396
去：0008284 细胞增殖的阳性调节 艾达 15383453
GO:0022409 positive regulation of cell-cell adhesion 艾达 15383453
GO:0050870 positive regulation of T cell activation 艾达 15383453
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005886 质膜 EXP 16691243
GO:0005886 质膜 塔斯 10429193
GO:0005887 质膜的积分 塔斯 7998989

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
BNIP3 NIP3 BCL2/adenovirus E1B 19kDa interacting protein 3 - HPRD，Biogrid 12690108
EPB42 MGC116735 | MGC116737 | PA erythrocyte membrane protein band 4.2 - HPRD 12176912
GNAI1 Gi 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白），α抑制活性多肽1 - HPRD 11306274
ITGAV CD51 |DKFZP686A08142 |MSK8 |vnra integrin, alpha V (vitronectin receptor, alpha polypeptide, antigen CD51) - HPRD 10545994
ITGB1 CD29 | FNRB | GPIIA | MDF2 | MSK12 | VLA-BETA | VLAB 整合素，β1（纤连蛋白受体，β多肽，抗原CD29包括MDF2，MSK12） Affinity Capture-Western BioGRID 10397731
P2RY2 HP2U |MGC20088 |MGC40010 |P2RU1 |P2U |P2U1 |p2ur |P2Y2 |P2Y2R purinergic receptor P2Y, G-protein coupled, 2 - HPRD，Biogrid 11331301
PTK2 Fadk |fak |fak1 |pp125fak PTK2蛋白酪氨酸激酶2 - HPRD 9169439
RHAG CD241 |RH2 |RH50A |RH50 |RH50GP |SLC42A1 Rh-associated glycoprotein - HPRD 8563755|12393442
sirpa BIT | CD172A | MFR | MYD-1 | P84 | PTPNS1 | SHPS-1 | SHPS1 | SIRP | SIRP-ALPHA-1 | SIRPalpha | SIRPalpha2 信号调节蛋白α - HPRD 9872987
THBS1 thbs |TSP |TSP1 血小板传播1 - HPRD 8550562|9169439
|10397731
THBS1 thbs |TSP |TSP1 血小板传播1 IAP interacts with TS-1. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between pig IAP and human TS-1. BIND 15700281
UBQLN1 DA41 | DSK2 | FLJ90054 | PLIC-1 | XDRP1 泛素1 - HPRD 10549293


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG ECM RECEPTOR INTERACTION 84 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID INTEGRIN3 PATHWAY 43 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome细胞通信 120 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CELL SURFACE INTERACTIONS AT THE VASCULAR WALL 91 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome信号调节蛋白SIRP家族相互作用 12 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组止血 466 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA TUMOR ZONE PERIPHERAL VS CENTRAL UP 285 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAVICIONI MOLECULAR ARMS VS ERMS UP 332 228 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG LMO4 TARGETS UP 372 227 该途径中的所有SZGR 2.0基因
奥斯曼膀胱癌 404 246 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OSMAN BLADDER CANCER DN 406 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mullighan NPM1突变签名1向上 276 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
UDAYAKUMAR MED1 TARGETS UP 135 82 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED DN 805 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应表皮增强 293 179 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OUELLET卵巢癌侵入性与LMP UP 117 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA DN 394 258 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HERNANDEZ MITOTIC ARREST BY DOCETAXEL 2 UP 64 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
patil肝癌 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRUETZMANN PANCREATIC CANCER UP 358 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Inamura肺癌SCC子类型 14 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA XPRSS INT NETWORK 168 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA2 PCC NETWORK 423 265 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS UP 1037 673 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEI mir34a目标 148 97 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Koyama Sema3b靶向DN 411 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
与H3K27me3的Benporath ES 1118 744 该途径中的所有SZGR 2.0基因
宁慢性阻塞性肺疾病DN 121 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
UEDA PERIFERAL CLOCK 169 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMITH TERT TARGETS DN 87 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PENG GLUCOSE DEPRIVATION DN 169 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SASAKI ADULT T CELL LEUKEMIA 176 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PENG RAPAMYCIN RESPONSE DN 245 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER PBL KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK UP 63 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERRANDO T ALL WITH MLL ENL FUSION UP 87 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zhan多发性骨髓瘤 64 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GERY CEBP目标 126 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
亚伯拉罕ALPC与多发性骨髓瘤DN 19 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IGLESIAS E2F TARGETS UP 151 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RAMALHO STEMNESS DN 74 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kaab心脏中心与心室 249 170 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21目标2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCCLUNG COCAINE REWARD 5D 79 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Delaserna Myod目标DN 57 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEIGEL OXIDATIVE STRESS BY HNE AND TBH 60 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德韦尔老化的肾脏 487 303 该途径中的所有SZGR 2.0基因
welcsh brca1靶向 198 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 7 51 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gavin Foxp3目标集群T7 98 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gavin Foxp3目标集群P3 160 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED 1022 619 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Riggins他莫昔芬抵抗DN 220 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bochkis foxa2目标 425 261 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Qi Plasmacytoma Up 259 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TOOKER GEMCITABINE RESISTANCE DN 122 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rutella对CSF2RB和IL4的响应 338 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF UP 418 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rutella对HGF与CSF2RB和IL4的反应 408 276 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET LUNG CANCER KRAS DN 435 289 该途径中的所有SZGR 2.0基因
米利假足型haptotaxis dn 668 419 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FONTAINE FOLLICULAR THYROID ADENOMA DN 68 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FONTAINE PAPILLARY THYROID CARCINOMA UP 66 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BREAST CANCER WITH BRCA1 MUTATED DN 9 5 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOSHIDA LIVER CANCER SUBCLASS S1 237 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gutierrez多发性骨髓瘤 35 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG REGULATED BY MYC DN 253 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
dasu IL6信号向上 59 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wang对GSK3抑制剂SB216763的响应向上 397 206 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dutertre雌二醇反应24小时DN 505 328 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wierenga Stat5a靶向DN 213 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP A 898 516 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HUANG GATA2 TARGETS UP 149 96 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Krieg KDM3A靶向缺氧 208 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FORTSCHEGGER PHF8 TARGETS DN 784 464 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE NOT VIA P38 337 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
rao由SALL4同工型B绑定 517 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-133 1623年 1630 1a,m8 hsa-miR-133a UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU
hsa-miR-133b uguguccccuucaaccagcua
mir-135 3629 3635 m8 HSA-MIR-135A Uauggcuuuuuuuuccuauga
HSA-MIR-135B UAUGGCUUUUCAUUCCUAUGUG
mir-141/200a 3698 3704 m8 hsa-miR-141 UAACACUGUCUGGUAAAGAUGG
HSA-MIR-200A uaacacugucuguguguguaaacgaugu
mir-142-5p 1843年 1849年 1a hsa-miR-142-5p CAUAAAGUAGAAAGCACUAC
hsa-miR-142-5p CAUAAAGUAGAAAGCACUAC
mir-145 3221 3227 m8 hsa-miR-145 GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCUU
mir-149 821 828 1a,m8 hsa-miR-149脑 UCUGGCUCCGUGUCUUCACUCC
mir-155 3614 3620 m8 hsa-miR-155 uuaaugcuaaucgugauagggg
mir-182 1595 1601 1a hsa-miR-182 UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA
hsa-miR-182 UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA
mir-193 2270 2276 m8 hsa-miR-193a Aacuggccuacaaagucccag
hsa-miR-193b AACUGGCCCUCAAAGUCCCGCUUU
mir-203.1 4029 4035 m8 HSA-MIR-203 UGAAAUGUUUAGGACCACUAG
mir-21 3979 3985 1a HSA-MIR-21脑 uagcuuaucagacugauguuga
HSA-MIR-590 GAGCUUAUUCAUAAAAGUGCAG
mir-214 1663年 1670年 1a,m8 HSA-MIR-214脑 acagcaggcacagacaggcag
mir-324-3p 3782 3788 1a HSA-MIR-324-3P ccacugccccaggugcugcugg
miR-330 3875 3881 1a HSA-MIR-330脑 GCAAAGCACGGCCUGCAGAGA
mir-34/449 3328 3334 1a HSA-MIR-34A脑 UGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUU
HSA-MIR-34C AGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGC
HSA-MIR-449 uggcaguguauuguagcuggu
HSA-MIR-449b Aggcaguguauuguuagcuggc
miR-369-3p 3953 3959 1a HSA-MIR-369-3P aauauacaugguugaucuuu
mir-374 3953 3959 m8 hsa-miR-374 UUAUAAUACAACCUGAUAAGUG
mir-383 944 950 m8 hsa-miR-383脑 agaucagaaggugauuguggcu
miR-410 3955 3961 1a HSA-MIR-410 AAUAUAACACAGAUGGCCUGU
miR-9 3796 3802 m8 HSA-MIR-9SZ ucuuuguuaucuagcuguauga
miR-96 1595 1601 1a HSA-MIR-96脑 UUUGGCACUAGCACAUUUUUGC