基因页面:VGLL4

总结吗?
GeneID 9686年
象征 VGLL4
同义词 VGL-4
描述 残留像家庭成员4
参考 HGNC: HGNC: 28966|运用:ENSG00000144560|HPRD: 11672|织女:OTTHUMG00000129739
基因型 蛋白质编码
地图上的位置 3 p25.3
帕斯卡假定值 0.011
夏洛克假定值 0.003
胎儿β 0.25
DMG 3(#研究)
eGene 迈尔斯的顺式和反式

基因数据来源
基因集名称 基因的方法设置 描述 信息
简历:GWASdb 全基因组关联研究 精神分裂症GWASdb记录
简历:PGCnp 全基因组关联研究 GWAS
DMG: Jaffe_2016 全基因组DNA甲基化分析 这个数据集包括2104探针/论文认定与深圳病人(n = 108)比136年控制在Bonferroni-adjusted P < 0.05。 5
DMG: vanEijk_2014 全基因组DNA甲基化分析 这个数据集包括432个不同甲基化CpG网站对应391精神分裂症患者之间独特的成绩单(n = 260)和对照组(n = 250)的影响。 5
DMG: Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 这个数据集包括4641个不同甲基化探针对应2929个独特的基因之间的精神分裂症患者(n = 24)和控制(n = 24)。 5
PMID: cooccur 高通量文献检索 系统搜索PubMed的基因共病SCZ关键词。总共有3027个基因包括在内。
GSMA_I 基因组扫描分析 Psr: 0.006
文学 高通量文献检索 与精神分裂症Co-occurance关键词:精神分裂症、神经 点击显示详细信息

部分即遗传学和表观遗传学注释

@不同甲基化基因

探针 染色体 位置 最近的基因 P (dis) β(dis) 罗斯福(dis) 研究
cg24139835 3 11607118 VGLL4 1.813的军医 0.413 0.034 DMG: Wockner_2014
cg05575304 3 11607115 VGLL4 4.258的军医 0.436 0.045 DMG: Wockner_2014
cg25678292 3 11684193 VGLL4 8.13 e-9 -0.015 3.86 e-6 DMG: Jaffe_2016
cg16184035 3 11684116 VGLL4 8.76 e-8 -0.013 2.01 e-5 DMG: Jaffe_2016
cg04172348 3 12046004 VGLL4 0.003 3.363 DMG: vanEijk_2014

@eQTL注释

SNP ID 染色体 位置 eGene 基因Entrez ID pvalue qvalue TSS距离 eQTL类型
rs1572945 chr1 58069522 VGLL4 9686年 0.19 反式
rs2797260 chr1 215904656 VGLL4 9686年 0.09 反式
rs6733654 chr2 1963270 VGLL4 9686年 0 反式
rs13418573 chr2 205418512 VGLL4 9686年 0.07 反式
rs16827037 chr3 117203284 VGLL4 9686年 0.01 反式
rs16838645 chr4 6370354 VGLL4 9686年 0.18 反式
rs9397453 chr6 152236878 VGLL4 9686年 0.03 反式
rs320082 chr7 29105404 VGLL4 9686年 8.045的军医 反式
rs317720 chr7 29110633 VGLL4 9686年 0.05 反式
rs317714 chr7 29115553 VGLL4 9686年 0 反式
rs317724 chr7 29120565 VGLL4 9686年 0.05 反式
rs1831517 chr9 2513405 VGLL4 9686年 0.16 反式
rs7020469 chr9 27338005 VGLL4 9686年 0.01 反式
rs947625 chr9 130774523 VGLL4 9686年 0.09 反式
rs3025425 chr9 136523165 VGLL4 9686年 0.02 反式
rs4607971 chr10 19407890 VGLL4 9686年 0.11 反式
rs11203077 chr10 91097084 VGLL4 9686年 0.14 反式
rs2935709 chr10 123490988 VGLL4 9686年 0.17 反式
rs10834670 chr11 25404015 VGLL4 9686年 0.11 反式
snp_a - 2067812 0 VGLL4 9686年 0.11 反式
rs11066476 chr12 113465366 VGLL4 9686年 0.19 反式
rs11158850 chr14 70757171 VGLL4 9686年 0.07 反式
rs4904626 chr14 90335051 VGLL4 9686年 0.06 反式
rs1286939 chr14 90341837 VGLL4 9686年 0.06 反式
rs12452652 chr17 72235560 VGLL4 9686年 0.05 反式
rs10502875 chr18 44241477 VGLL4 9686年 0.16 反式
rs9637082 chr21 21213235 VGLL4 9686年 0 反式
rs5755349 chr22 35225459 VGLL4 9686年 0.18 反式
rs9619990 chr22 42163258 VGLL4 9686年 0.13 反式
rs8141783 chr22 42179110 VGLL4 9686年 0.2 反式

第二部分。转录组注释

通用基因表达(GTEx)

不可用

基因表达在发展脉络(BrainCloud)

补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。

基因表达的时空变化(BrainSpan)

补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。

中的基因在大脑区域

前10名中的基因
基因 皮尔森的相关性 斯皮尔曼的相关性
ZFYVE21 0.67 0.71
TAP2 0.66 0.69
C14orf159 0.64 0.70
HS1BP3 0.64 0.69
OAS3 0.63 0.67
TRIM25 0.63 0.72
GRIK4 0.63 0.70
RETSAT 0.62 0.67
PYCR2 0.62 0.70
C10orf72 0.61 0.62
十大负面中的基因
基因 皮尔森的相关性 斯皮尔曼的相关性
RBMX2 -0.38 -0.44
FAM159B -0.37 -0.47
RP9P -0.36 -0.46
C21orf57 -0.36 -0.39
HDAC2 -0.35 -0.17
SNRPG -0.34 -0.41
H2AFY2 -0.33 -0.12
RPL35A -0.33 -0.42
RPS3AP47 -0.33 -0.33
ZNF738 -0.33 -0.20

第三部分。基因本体论注释

生物过程 去的术语 证据 神经的关键词 PubMed ID
去:0006355 依赖dna的转录调节 国际能源机构 - - - - - -
去:0006350 转录 国际能源机构 - - - - - -
蜂窝组件 去的术语 证据 神经的关键词 PubMed ID
去:0005634 核 国际能源机构 - - - - - -

部分诉通路注释

路径名称 通道尺寸 # SZGR 2.0基因通路 信息
周炎症反应生活的DN 384年 220年 所有SZGR 2.0基因通路
王LMO4目标了 372年 227年 所有SZGR 2.0基因通路
GARGALOVIC应对氧化磷脂红色的DN 25 19 所有SZGR 2.0基因通路
MULLIGHAN MLL签名2 DN 281年 186年 所有SZGR 2.0基因通路
周炎症反应费马DN 284年 156年 所有SZGR 2.0基因通路
金赛的目标EWSR1 FLII融合DN 329年 219年 所有SZGR 2.0基因通路
罗德里格斯甲状腺癌分化不良DN 805年 505年 所有SZGR 2.0基因通路
罗德里格斯甲状腺未分化癌DN 537年 339年 所有SZGR 2.0基因通路
PROVENZANI转移了 194年 112年 所有SZGR 2.0基因通路
LASTOWSKA神经母细胞瘤拷贝数DN 800年 473年 所有SZGR 2.0基因通路
DAIRKEE叔目标了 380年 213年 所有SZGR 2.0基因通路
NUYTTEN NIPP1的目标了 769年 437年 所有SZGR 2.0基因通路
NUYTTEN EZH2的目标了 1037年 673年 所有SZGR 2.0基因通路
廖SOX4结合位点 40 26 所有SZGR 2.0基因通路
廖转移 539年 324年 所有SZGR 2.0基因通路
BENPORATH ES核心九相关 One hundred. 68年 所有SZGR 2.0基因通路
HOEGERKORP CD44的目标时间 13 8 所有SZGR 2.0基因通路
阿尔茨海默病了布莱洛克的 1691年 1088年 所有SZGR 2.0基因通路
对紫外线C5 SESTO回应 46 36 所有SZGR 2.0基因通路
郑受FOXP3 491年 310年 所有SZGR 2.0基因通路
RUIZ过渡委员会的目标了 153年 107年 所有SZGR 2.0基因通路
米凯尔森人大与H3K4ME3 ICP 445年 257年 所有SZGR 2.0基因通路
斯米尔诺夫红外反应2小时DN 55 35 所有SZGR 2.0基因通路
斯米尔诺夫红外反应6小时DN 114年 69年 所有SZGR 2.0基因通路

部分VI. microRNA注释

microrna的家庭 目标位置 microrna的ID microrna的seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-1/206 1276年 1282年 m8 hsa-miR-1 UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUA
hsa - mir - 206深圳 UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG
hsa - mir - 613 AGGAAUGUUCCUUCUUUGCC
mir - 124.1 2454年 2460年 1 hsa - mir - 124 a UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
miR-130/301 478年 485年 1、m8 hsa - mir - 130 a大脑 CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU
hsa - mir - 301 CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGC
hsa - mir - 130 b大脑 CAGUGCAAUGAUGAAAGGGCAU
hsa - mir - 454 - 3 - p UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU
mir - 134 324年 331年 1、m8 hsa - mir - 134大脑 UGUGACUGGUUGACCAGAGGG
mir - 135 331年 337年 m8 hsa - mir - 135 a UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA
hsa - mir - 135 b UAUGGCUUUUCAUUCCUAUGUG
mir - 181 1819年 1825年 1 hsa - mir - 181 a大脑 AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU
hsa - mir - 181 b深圳 AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGG
hsa - mir - 181 c大脑 AACAUUCAACCUGUCGGUGAGU
hsa - mir - 181 d大脑 AACAUUCAUUGUUGUCGGUGGGUU
miR-19 477年 483年 m8 hsa-miR-19a UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA
hsa-miR-19b UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA
miR-221/222 1874年 1880年 m8 hsa - mir - 221大脑 AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC
hsa - mir - 222大脑 AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC
mir - 328 1261年 1267年 1 hsa - mir - 328大脑 CUGGCCCUCUCUGCCCUUCCGU
mir - 330 48 54 1 hsa - mir - 330大脑 GCAAAGCACACGGCCUGCAGAGA
mir - 365 732年 738年 m8 hsa - mir - 365 UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAU
mir - 384 1751年 1757年 1 hsa - mir - 384 AUUCCUAGAAAUUGUUCAUA
mir - 488 2195年 2201年 m8 hsa - mir - 488 CCCAGAUAAUGGCACUCUCAA
mir - 493 - 5 - p 1821年 1827年 m8 hsa - mir - 493 - 5 - p UUGUACAUGGUAGGCUUUCAUU
mir - 495 1862年 1868年 1 hsa - mir - 495大脑 AAACAAACAUGGUGCACUUCUUU
mir - 539 319年 325年 1 hsa - mir - 539 GGAGAAAUUAUCCUUGGUGUGU
miR-9 261年 268年 1、m8 hsa-miR-9深圳 UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA