基因页：PCDHGA8
概括？
| 基因 | 9708 |
| 象征 | PCDHGA8 |
| 同义词 | PCDH-GAMMA-A8 |
| 描述 | 原钙粘蛋白伽玛亚家族A，8 |
| 参考 | MIM：606295|HGNC：HGNC：8706|ENSEMBL：ENSG00000253767|HPRD：09385|Vega：Otthumg00000164053 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 5Q31 |
| 胎儿β | 1.876 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 0 |
| PMID：cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR：0.0032 | |
| 文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| 用手 | 0.97 | 0.97 |
| HMG20A | 0.96 | 0.97 |
| PHF20 | 0.96 | 0.97 |
| ZNF148 | 0.96 | 0.97 |
| RSBN1 | 0.96 | 0.97 |
| PPP2R5E | 0.96 | 0.96 |
| GTF3C4 | 0.96 | 0.97 |
| polr3a | 0.96 | 0.97 |
| ZNF776 | 0.96 | 0.95 |
| WDR82 | 0.96 | 0.96 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| AF347015.31 | -0.74 | -0.88 |
| MT-CO2 | -0.74 | -0.89 |
| FXYD1 | -0.73 | -0.86 |
| HSD17B14 | -0.72 | -0.79 |
| ifi27 | -0.71 | -0.85 |
| mt-cyb | -0.71 | -0.84 |
| AF347015.27 | -0.71 | -0.84 |
| AF347015.33 | -0.71 | -0.83 |
| higd1b | -0.71 | -0.86 |
| AF347015.8 | -0.70 | -0.87 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005509 | 钙离子结合 | IEA | - | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007155 | 细胞粘附 | IEA | - | |
| 去：0007156 | 同粒细胞粘附 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO：0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - | |
| 去：0005886 | 质膜 | IEA | - |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| THUM收缩心力衰竭DN | 244 | 147 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nagashima NRG1信号传导DN | 58 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| H3K27ME3 DN的Acevedo肝癌 | 228 | 114 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Croonquist IL6剥夺 | 20 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| figueroa aml甲基化簇3 | 170 | 97 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Johnstone Parvb目标3 DN | 918 | 550 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-133 | 1194 | 1201 | 1A，M8 | HSA-MIR-133A | uugguccccuucaaccagcugu |
| HSA-MIR-133B | uguguccccuucaaccagcua | ||||
| mir-135 | 903 | 909 | 1a | HSA-MIR-135A | Uauggcuuuuuuuuccuauga |
| HSA-MIR-135B | Uauggcuuuucauuccuaugug | ||||
| mir-153 | 191 | 197 | 1a | HSA-MIR-153 | Uugcauagucacaaaaguga |
| mir-448 | 190 | 197 | 1A，M8 | HSA-MIR-448 | uugcauauguaggauguccccau |
| mir-7 | 317 | 323 | 1a | HSA-MIR-7SZ | Uggaagacuaguuuuuguug |