Gene Page:ARHGAP32
Summary？
| 基因 | 9743 |
| 象征 | ARHGAP32 |
| Synonyms | GC-GAP|GRIT|PX-RICS|RICS|p200RhoGAP|p250GAP |
| Description | Rho GTPase activating protein 32 |
| Reference | MIM：608541|HGNC:HGNC:17399|ENSEMBL：ENSG00000134909|HPRD：12257|Vega:OTTHUMG00000165774 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 11q24.3 |
| Pascal p-value | 0.015 |
| Sherlock p-value | 0.341 |
| 胎儿β | -1.094 |
| 主持人 | Myers' cis & trans |
| Support | CompositeSet Darnell FMRP目标 潜在的突触基因 |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:GWASdb | Genome-wide Association Studies | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
| CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
eQTL注释
eQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | pvalue | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs10894158 | Chr11 | 129736156 | ARHGAP32 | 9743 | 0.09 | 顺式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| Ankrd17 | 0.93 | 0.94 |
| ADAR | 0.93 | 0.94 |
| dyrk1a | 0.93 | 0.94 |
| ANAPC1 | 0.93 | 0.94 |
| NOLC1 | 0.93 | 0.93 |
| KIAA0090 | 0.93 | 0.93 |
| SLC12A6 | 0.92 | 0.95 |
| fto | 0.92 | 0.93 |
| HERC1 | 0.92 | 0.93 |
| ARHGEF7 | 0.92 | 0.94 |
| Top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| FXYD1 | -0.77 | -0.79 |
| MT-CO2 | -0.77 | -0.81 |
| AF347015.31 | -0.76 | -0.79 |
| HIGD1B | -0.76 | -0.81 |
| AF347015.21 | -0.74 | -0.83 |
| ifi27 | -0.73 | -0.77 |
| C1orf54 | -0.72 | -0.85 |
| AF347015.33 | -0.72 | -0.74 |
| AC021016.1 | -0.72 | -0.74 |
| mt-cyb | -0.71 | -0.75 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| GO:0005096 | GTPase激活剂活性 | IEA | - | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
| 去：0035091 | 磷酸肌醇结合 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO:0007165 | 信号转导 | IEA | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO：0042995 | 细胞投影 | IEA | Axon（GO术语级别：4） | - |
| GO:0045211 | postsynaptic membrane | IEA | 突触，神经递质（GO期限：5） | - |
| GO:0045202 | 突触 | IEA | neuron, Synap, Neurotransmitter, Glial (GO term level: 2) | - |
| GO:0000139 | Golgi membrane | IEA | - | |
| 去：0005794 | 高尔基体 | IEA | - | |
| 去：0005789 | 内质网膜 | IEA | - | |
| 去：0005622 | 细胞内 | IEA | - | |
| 去：0005737 | cytoplasm | IEA | - | |
| 去：0005768 | 内体 | IEA | - | |
| 去：0005783 | 内质网 | IEA | - | |
| 去：0005886 | plasma membrane | IEA | - | |
| GO:0010008 | 内体膜 | IEA | - | |
| GO:0030054 | cell junction | IEA | - |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| AKT1 | akt |MGC99656 |PKB |pkb-alpha |Prkba |RAC |Rac-Alpha | V-Akt鼠胸腺瘤病毒癌基因同源1 | 生化活动 | Biogrid | 12446789 |
| BCAR1 | cas |cas1 |Cass1 |crkas |P130CAS | 乳腺癌抗雌激素抵抗1 | - | HPRD,BioGRID | 12446789|12819203 |
| CAMK2N2 | CAM-KIIN | CAMKIIN | 钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶II抑制剂2 | - | HPRD | 12531901 |
| CDC42 | CDC42Hs | G25K | cell division cycle 42 (GTP binding protein, 25kDa) | 生化活动 | Biogrid | 12446789|12819203 |12857875 |
| CDH1 | Arc-1 | CD324 | CDHE | ECAD | LCAM | UVO | cadherin 1, type 1, E-cadherin (epithelial) | - | HPRD | 12531901 |
| CDH2 | CD325 | CDHN | CDw325 | NCAD | 钙粘蛋白2，1型，N-钙粘蛋白（神经元） | - | HPRD | 12531901 |
| CRK | crkii | v-crk sarcoma virus CT10 oncogene homolog (avian) | CRK与GC间隙相互作用。这种相互作用是基于未指定物种与人GC间隙的CRK之间的相互作用建模的。 | 绑定 | 12819203 |
| CRK | crkii | v-crk sarcoma virus CT10 oncogene homolog (avian) | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 重构的复合物 |
Biogrid | 12454018|12819203 |
| CRK | crkii | v-crk sarcoma virus CT10 oncogene homolog (avian) | - | HPRD | 12446789|12454018 |
| CRKL | - | v-crk sarcoma virus CT10 oncogene homolog (avian)-like | - | HPRD,BioGRID | 12446789 |
| CTNNB1 | ctnnb |DKFZP686D02253 |FLJ25606 |FLJ37923 | Catenin（cadherin相关蛋白），β1，88KDA | - | HPRD | 12531901 |
| DLG4 | FLJ97752 |FLJ98574 |PSD95 |SAP90 | 圆盘，大型同源物4（果蝇） | - | HPRD | 12531901 |
| Fyn | MGC45350 | SLK | SYN | Fyn Oncogene与SRC，FGR，是的 | - | HPRD,BioGRID | 12788081|12857875 |
| GAB1 | - | GRB2-associated binding protein 1 | GAB1与GC间隙相互作用。 | 绑定 | 12819203 |
| GAB1 | - | GRB2-associated binding protein 1 | - | HPRD,BioGRID | 12819203 |
| GAB2 | KIAA0571 | GRB2-associated binding protein 2 | GAB2与GC-GAP相互作用。 | 绑定 | 12819203 |
| GAB2 | KIAA0571 | GRB2-associated binding protein 2 | - | HPRD,BioGRID | 12819203 |
| 抓钩 | MGC64880 | 与GRB2相关的衔接蛋白 | grap与GC间隙相互作用。这种相互作用是建立在未指定物种与人GC间隙之间的抓地力之间的相互作用的模型的。 | 绑定 | 12819203 |
| grin2a | nmdar2a |NR2A | 谷氨酸受体，离子型，N-甲基D-天冬氨酸2A | - | HPRD | 12531901 |
| grin2b | MGC142178 |MGC142180 |NMDAR2B |NR2B |HNR3 | 谷氨酸受体，离子型，N-甲基D-天冬氨酸2B | - | HPRD,BioGRID | 12531901|12857875 |
| MEGF10 | DKFZP781K1852 |FLJ41574 |KIAA1780 | 多个EGF样域10 | - | HPRD | 12421765 |
| NCK1 | MGC12668 |NCK |nckalpha | NCK adaptor protein 1 | NCK与GC-GAP相互作用。这种相互作用是基于未指定物种与人GC-GAP的NCK之间的相互作用进行建模的。 | 绑定 | 12819203 |
| NCK1 | MGC12668 |NCK |nckalpha | NCK adaptor protein 1 | - | HPRD,BioGRID | 12819203 |
| NF2 | ACN | BANF | SCH | neurofibromin 2 (merlin) | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 12446789 |
| NTRK1 | DKFZp781I14186 | MTC | TRK | TRK1 | TRKA | p140-TrkA | 神经营养性酪氨酸激酶，受体，1型 | - | HPRD,BioGRID | 12446789 |
| PIK3R1 | GRB1 | p85 | p85-ALPHA | 磷酸肌醇3-激酶，调节亚基1（alpha） | - | HPRD,BioGRID | 12454018 |
| PLCG1 | PLC-II |PLC1 |PLC148 |Plcgamma1 | 磷脂酶C，伽马1 | - | HPRD,BioGRID | 12454018 |
| RAC1 | MGC111543 | MIG5 | TC-25 | p21-Rac1 | 与RAS相关的C3肉毒纤维毒素底物1（RHO家族，小GTP结合蛋白Rac1） | 生化活动 | Biogrid | 12454018|12819203 |
| RHOA | ARH12 | ARHA | RHO12 | RHOH12 | ras homolog gene family, member A | 生化活动 | Biogrid | 12446789|12454018 |12857875 |
| SFN | YWHAS | Stratifin | Affinity Capture-MS | Biogrid | 15778465 |
| SHC2 | SCK |SHCB |sli | SHC（SRC同源性2结构域）转化蛋白2 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 12446789 |
| SHC3 | N-SHC |NSHC |Rai |shcc | SHC（SRC同源性2结构域）转化蛋白3 | - | HPRD,BioGRID | 12446789 |
| src | ASV | SRC1 | c-SRC | p60-Src | V-SRC肉瘤（Schmidt-Ruppin A-2）病毒癌基因同源物（Avian） | - | HPRD,BioGRID | 12454018 |
| src | ASV | SRC1 | c-SRC | p60-Src | V-SRC肉瘤（Schmidt-Ruppin A-2）病毒癌基因同源物（Avian） | Src interacts with GC-GAP. This interaction was modelled on a demonstrated interaction between Src from an unspecified species and human GC-GAP. | 绑定 | 12819203 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | Target position | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-132/212 | 44 | 50 | M8 | hsa-miR-212SZ | UAACAGUCUCCAGUCACGGCC |
| HSA-MIR-132brain | UAACAGUCUACAGCCAUGGUCG | ||||
| miR-137 | 9 | 15 | 1a | HSA-MIR-137 | uauugcuuaagaauacgcguag |
| mir-338 | 32 | 38 | 1a | hsa-miR-338brain | uccagauuuuuguuga |
| miR-485-5p | 25 | 31 | M8 | hsa-miR-485-5p | aggcuggccgugaugauuc |