总结吗?
GeneID 9759年
象征 HDAC4
同义词 AHO3 | BDMR | HA6116 | HD4 | HDAC-4 | HDAC-A | HDACA
描述 组蛋白脱乙酰酶4
参考 MIM: 605314|HGNC: HGNC: 14063|运用:ENSG00000068024|HPRD: 05610|织女:OTTHUMG00000133344
基因型 蛋白质编码
地图上的位置 2 q37.3
帕斯卡假定值 0.717
夏洛克假定值 0.376
胎儿β 0.386
DMG 2(#研究)
eGene 迈尔斯的顺式和反式
支持 CompositeSet
达内尔FMRP目标
Ascano FMRP目标
染色质重塑基因

基因数据来源
基因集名称 基因的方法设置 描述 信息
简历:GWAScat 全基因组关联研究 这个数据集包含560个snp与精神分裂症有关。总共有486个基因映射到这些snp在50 kb。
简历:GWASdb 全基因组关联研究 精神分裂症GWASdb记录
简历:PGCnp 全基因组关联研究 GWAS
DMG: Jaffe_2016 全基因组DNA甲基化分析 这个数据集包括2104探针/论文认定与深圳病人(n = 108)比136年控制在Bonferroni-adjusted P < 0.05。 4
DMG: Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 这个数据集包括4641个不同甲基化探针对应2929个独特的基因之间的精神分裂症患者(n = 24)和控制(n = 24)。 4
PMID: cooccur 高通量文献检索 系统搜索PubMed的基因共病SCZ关键词。总共有3027个基因包括在内。
文学 高通量文献检索 与精神分裂症Co-occurance关键词:精神分裂症、神经 点击显示详细信息
GO_Annotation neuro-related关键字映射到基因本体论注释 支安打与neuro-related关键词:1

部分即遗传学和表观遗传学注释

@不同甲基化基因

探针 染色体 位置 最近的基因 P (dis) β(dis) 罗斯福(dis) 研究
cg15929228 2 240323491 HDAC4 1.976的军医 -0.296 0.035 DMG: Wockner_2014
cg17356718 2 240230587 HDAC4 3.267的军医 0.33 0.04 DMG: Wockner_2014
cg14273620 2 240170857 HDAC4 3.668的军医 0.305 0.042 DMG: Wockner_2014
cg15142485 2 240323713 HDAC4 7.55 e-9 -0.01 3.72 e-6 DMG: Jaffe_2016

@eQTL注释

SNP ID 染色体 位置 eGene 基因Entrez ID pvalue qvalue TSS距离 eQTL类型
rs17007452 chr12 81243404 HDAC4 9759年 0.17 反式

第二部分。转录组注释

通用基因表达(GTEx)

不可用

基因表达在发展脉络(BrainCloud)

补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。

基因表达的时空变化(BrainSpan)

补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。

中的基因在大脑区域

前10名中的基因
基因 皮尔森的相关性 斯皮尔曼的相关性
AATK 0.87 0.75
TMEM184B 0.86 0.85
FAM78A 0.85 0.82
ABCA2 0.85 0.81
TNK2 0.84 0.78
NAT8L 0.84 0.80
NCKIPSD 0.83 0.79
IPO13 0.83 0.83
MAN2A2 0.83 0.76
SLC6A8 0.83 0.83
十大负面中的基因
基因 皮尔森的相关性 斯皮尔曼的相关性
ST20 -0.45 -0.52
C9orf46 -0.44 -0.50
RP9P -0.43 -0.56
FAM36A -0.42 -0.41
RPL35 -0.42 -0.49
RPL24 -0.42 -0.49
RPL31 -0.41 -0.48
GTF3C6 -0.41 -0.42
SNRPG -0.41 -0.53
RPL13AP22 -0.41 -0.62

第三部分。基因本体论注释

分子功能 去的术语 证据 神经的关键词 PubMed ID
去:0003677 DNA结合 国际能源机构 - - - - - -
去:0005515 蛋白结合 国际能源机构 - - - - - -
去:0004407 组蛋白脱乙酰酶的活动 NAS 10523670
去:0016787 水解酶活性 国际能源机构 - - - - - -
去:0008134 转录因子结合 助教 12711221
去:0016564 转录抑制因子活性 国际能源机构 - - - - - -
去:0016564 转录抑制因子活性 助教 10523670
生物过程 去的术语 证据 神经的关键词 PubMed ID
去:0007399 神经系统发育 助教 神经突(术语层面:5) 12711221
去:0000122 负调控RNA聚合酶II启动子的转录 国际能源机构 - - - - - -
去:0001501 骨骼系统开发 国际能源机构 - - - - - -
去:0006350 转录 国际能源机构 - - - - - -
去:0007049 细胞周期 NAS - - - - - -
去:0008285 负调节细胞增殖 国际能源机构 - - - - - -
去:0006954 炎症反应 助教 12711221
去:0007275 多细胞有机体的发展 NAS - - - - - -
去:0016568 染色质修饰 助教 12711221
去:0030183 B细胞分化 助教 12711221
去:0045843 横纹肌发展的负调控 助教 12711221
蜂窝组件 去的术语 证据 神经的关键词 PubMed ID
去:0000118 组蛋白脱乙酰酶复杂 助教 12711221
去:0005634 NAS - - - - - -
去:0005737 细胞质 助教 12711221

第四部分,注释蛋白质间交互作用

扶少团团员 别名B 官方全名B 实验 PubMed ID
ANKRD11 T13 ANCO-1 | LZ16 | 锚蛋白重复域11 - - - - - - HPRD 15184363
基于“增大化现实”技术 AIS | DHTR | HUMARA | KD | NR3C4 | SBMA | SMAX1 |解冻 雄性激素受体 重新组成复杂 BioGRID 12943985
BCL6 BCL5 | BCL6A | LAZ3 | ZBTB27 | ZNF51 b细胞慢性淋巴细胞白血病/淋巴瘤6 - - - - - - HPRD, BioGRID 11929873
BCOR ANOP2 | FLJ20285 | FLJ38041 | KIAA1575 | MAA2 | MCOPS2 | MGC131961 | MGC71031 BCL6若 - - - - - - HPRD, BioGRID 10898795
CBX5 HP1 | HP1A chromobox同族体5 (HP1α相同器官,果蝇) - - - - - - HPRD, BioGRID 12242305
CTBP1 酒吧| MGC104684 c端结合蛋白1 重新组成复杂 BioGRID 11022042
邪恶 AML1-EVI-1 | EVI-1 | MDS1-EVI1 | MGC163392 | PRDM3 同向性病毒整合位点1 - - - - - - HPRD, BioGRID 11568182
GATA1 ERYF1 | GF-1 | GF1 | NFE1 叫结合蛋白1(球蛋白转录因子1) 亲和力Capture-Western
重新组成复杂
BioGRID 14668799
HDAC3 HD3 | RPD3 | RPD3-2 组蛋白脱乙酰酶3 - - - - - - HPRD 11804585
HDAC3 HD3 | RPD3 | RPD3-2 组蛋白脱乙酰酶3 - - - - - - HPRD, BioGRID 11466315
HDAC4 HA6116 | HD4 | HDAC-A | HDACA | KIAA0288 组蛋白脱乙酰酶4 重新组成复杂 BioGRID 11486037
HDAC9 HD7 DKFZp779K1053 | | HDAC | HDAC7 | HDAC7B | HDAC9B | HDAC9FL | HDRP | KIAA0744 | MITR 组蛋白脱乙酰酶9 - - - - - - HPRD, BioGRID 12590135
IKZF1 Hs.54452 | IK1 | IKAROS | LYF1 | PRO0758 | ZNFN1A1 | hIk-1 伊卡洛斯家族锌指1(伊卡洛斯飞船) 亲和力Capture-Western BioGRID 12015313
IKZF2 HELIOS | MGC34330 | ZNF1A2 | ZNFN1A2 伊卡洛斯家族锌指2(太阳神) 重新组成复杂 BioGRID 12943985
IKZF3 AIO |艾俄洛斯| ZNFN1A3 伊卡洛斯家族锌指3(艾俄洛斯) 亲和力Capture-Western BioGRID 12015313
IKZF4 EOS | KIAA1782 | ZNFN1A4 伊卡洛斯家族锌指4 (Eos) 亲和力Capture-Western BioGRID 12015313
MAPK1 ERK | ERK2 | ERT1 | MAPK2 | P42MAPK | PRKM1 | PRKM2 | p38 | p40 | p41 | p41mapk 增殖蛋白激酶1 - - - - - - HPRD, BioGRID 11114188
MAPK3 ERK1 | HS44KDAP | HUMKER1A | MGC20180 | P44ERK1 | P44MAPK | PRKM3 增殖蛋白激酶3 - - - - - - HPRD, BioGRID 11114188
MEF2A ADCAD1 | RSRFC4 | RSRFC9 肌细胞增强因子2 a - - - - - - HPRD, BioGRID 10487761
MEF2C - - - - - - 肌细胞增强因子2摄氏度 - - - - - - HPRD 10523670|11504882
MEF2C - - - - - - 肌细胞增强因子2摄氏度 亲和力Capture-Western
重新组成复杂
BioGRID 10523670|11486037
MEF2D DKFZp686I1536 肌细胞增强因子2 d - - - - - - HPRD, BioGRID 10523670
MEGF10 DKFZp781K1852 | FLJ41574 | KIAA1780 多个EGF-like-domains 10 - - - - - - HPRD 12421765
NCOR1 KIAA1047 | MGC104216 | N-CoR | TRAC1 | hCIT529I10 | hN-CoR 核受体若1 - - - - - - HPRD 10944117|11804585
NCOR1 KIAA1047 | MGC104216 | N-CoR | TRAC1 | hCIT529I10 | hN-CoR 核受体若1 亲和力Capture-Western
重新组成复杂
BioGRID 10640275|11804585
NCOR2 CTG26 | SMRT | SMRTE | SMRTE-tau | TNRC14 | TRAC-1 | TRAC1 核受体若2 - - - - - - HPRD, BioGRID 11804585
NR2C1 TR2 核受体亚科2,C组,成员1 - - - - - - HPRD, BioGRID 11463856|12943985
NR2C2 TAK1 | TR2R1 | TR4 | hTAK1 核受体亚科2,C组,成员2 重新组成复杂 BioGRID 12943985
PPARD FAAR | MGC3931 | NR1C2 | NUC1 | NUCI | NUCII | PPAR-beta | PPARB 过氧物酶体proliferator-activated受体δ 重新组成复杂 BioGRID 12943985
PPARG NR1C3 | PPARG1 | PPARG2 | PPARgamma 过氧物酶体proliferator-activated受体γ 重新组成复杂 BioGRID 12943985
RARA NR1B1 | RAR 视黄酸受体α 重新组成复杂 BioGRID 12943985
RBBP4 NURF55 | RBAP48 视网膜母细胞瘤结合蛋白4 亲和力Capture-Western BioGRID 10220385
RUNX3 AML2 | CBFA3 | FLJ34510 | MGC16070 | PEBP2aC runt-related转录因子3 - - - - - - HPRD 15138260
RUVBL2 CGI-46 | ECP51 | INO80J | REPTIN | RVB2 | TIH2 | TIP48 | TIP49B RuvB-like 2(大肠杆菌) RUVBL2 (reptin)与HDAC4交互。 绑定 15829968
RXRA FLJ00280 | FLJ00318 | FLJ16020 | FLJ16733 | MGC102720 | NR2B1 类维生素a X受体α 重新组成复杂 BioGRID 12943985
SFN YWHAS stratifin 亲和力Capture-MS BioGRID 15778465
SUMO2 HSMT3 | MGC117191 | SMT3B | SMT3H2 SMT3 mif抑制两个3同族体2(酵母) - - - - - - HPRD 11451954
SUV39H1 KMT1A | MG44 | SUV39H 抑制的彩色3 - 9同族体1(果蝇) 亲和力Capture-Western BioGRID 12242305
TNFRSF14 阿塔尔| HVEA | HVEM | LIGHTR | TR2 肿瘤坏死因子受体超家族成员14(疱疹病毒进入中介) - - - - - - HPRD 11463856
TNFSF10 APO2L | Apo-2L | CD253 | TL2 | 肿瘤坏死因子(配体)总科,10个成员 HDAC4与TNFSF10启动子进行交互。 绑定 15619633
UBE2I C358B7.1 | P18 | UBC9 ubiquitin-conjugating酶E2I (UBC9同系物、酵母) 生化活动 BioGRID 18691969
YWHAB GW128 | HS1 | KCIP-1 酪氨酸3-monooxygenase /色氨酸5-monooxygenase激活蛋白,β多肽 亲和力Capture-Western BioGRID 10869435
YWHAE 14-3-3E | FLJ45465 | KCIP-1 | MDCR | MDS 酪氨酸3-monooxygenase /色氨酸5-monooxygenase激活蛋白,ε多肽 亲和力Capture-Western
重新组成复杂
BioGRID 10869435|11504882
YWHAE 14-3-3E | FLJ45465 | KCIP-1 | MDCR | MDS 酪氨酸3-monooxygenase /色氨酸5-monooxygenase激活蛋白,ε多肽 - - - - - - HPRD 11486037
YWHAG 14-3-3GAMMA 酪氨酸3-monooxygenase /色氨酸5-monooxygenase激活蛋白质、伽马多肽 重新组成复杂 BioGRID 11504882
YWHAZ KCIP-1 | MGC111427 | MGC126532 | MGC138156 酪氨酸3-monooxygenase /色氨酸5-monooxygenase激活蛋白质、ζ多肽 重新组成复杂 BioGRID 11504882
YWHAZ KCIP-1 | MGC111427 | MGC126532 | MGC138156 酪氨酸3-monooxygenase /色氨酸5-monooxygenase激活蛋白质、ζ多肽 - - - - - - HPRD 11486037
ZBTB16 PLZF | ZNF145 锌指和BTB域包含16 - - - - - - HPRD, BioGRID 11929873|15467736
ZNF354A EZNF | HKL1 |孩子| KID1 | TCF17 锌指蛋白354 a 重新组成复杂 BioGRID 12943985


部分诉通路注释

路径名称 通道尺寸 # SZGR 2.0基因通路 信息
BIOCARTA CARM ER通路 35 27 所有SZGR 2.0基因通路
PID HDAC CLASSII通路 34 27 所有SZGR 2.0基因通路
PID HDAC CLASSIII通路 25 20. 所有SZGR 2.0基因通路
PID HDAC抚慰心灵的途径 66年 50 所有SZGR 2.0基因通路
PID RANBP2通路 11 11 所有SZGR 2.0基因通路
PID时代基因组途径 65年 37 所有SZGR 2.0基因通路
REACTOME NOTCH1胞内域调节转录 46 28 所有SZGR 2.0基因通路
由NOTCH1 REACTOME信号 70年 46 所有SZGR 2.0基因通路
REACTOME信号通过切口 103年 64年 所有SZGR 2.0基因通路
ONKEN葡萄膜黑色素瘤了 783年 507年 所有SZGR 2.0基因通路
钟阿扎胞苷和TSA DN 70年 38 所有SZGR 2.0基因通路
周炎症反应生活 485年 293年 所有SZGR 2.0基因通路
CASORELLI APL二级VS新创 39 25 所有SZGR 2.0基因通路
DN BASAKI YBX1目标 384年 230年 所有SZGR 2.0基因通路
WAMUNYOKOLI卵巢癌LMP DN 199年 124年 所有SZGR 2.0基因通路
通过ERCC3 DN滑落紫外线反应 855年 609年 所有SZGR 2.0基因通路
通过SMAD4 JAZAG TGFB1信号 108年 66年 所有SZGR 2.0基因通路
PUJANA BRCA2 PCC网络 423年 265年 所有SZGR 2.0基因通路
SCHAEFFER前列腺癌发展6小时DN 514年 330年 所有SZGR 2.0基因通路
SCHAEFFER前列腺癌发展48小时DN 428年 306年 所有SZGR 2.0基因通路
小山SEMA3B DN的目标 411年 249年 所有SZGR 2.0基因通路
快活的HDAC扩散集群DN 76年 57 所有SZGR 2.0基因通路
麦地那SMARCA4目标 44 29日 所有SZGR 2.0基因通路
阿尔茨海默病了布莱洛克的 1691年 1088年 所有SZGR 2.0基因通路
KRIGE TOSEDOSTAT反应6小时DN 911年 527年 所有SZGR 2.0基因通路
KRIGE应对TOSEDOSTAT 24小时DN 1011年 592年 所有SZGR 2.0基因通路
BONOME卵巢癌生存非最优减积 510年 309年 所有SZGR 2.0基因通路
伯纳德PPAPDC1B DN的目标 58 39 所有SZGR 2.0基因通路
BOQUEST干细胞起 260年 174年 所有SZGR 2.0基因通路
西方肾上腺皮质肿瘤DN 546年 362年 所有SZGR 2.0基因通路
李区分T淋巴细胞 200年 115年 所有SZGR 2.0基因通路
汉SATB1 DN的目标 442年 275年 所有SZGR 2.0基因通路
罗马胰岛素在肌肉的目标 442年 263年 所有SZGR 2.0基因通路
MARTENS受PML RARA融合 456年 287年 所有SZGR 2.0基因通路
通过AKT1 BHAT ESR1目标 281年 183年 所有SZGR 2.0基因通路
李BMP2 DN的目标 882年 538年 所有SZGR 2.0基因通路
GOBERT少突细胞分化了 570年 339年 所有SZGR 2.0基因通路
DN FORTSCHEGGER PHF8目标 784年 464年 所有SZGR 2.0基因通路
LIM乳腺干细胞 489年 314年 所有SZGR 2.0基因通路

部分VI. microRNA注释

microrna的家庭 目标位置 microrna的ID microrna的seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-1/206 3547年 3553年 1 hsa-miR-1 UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUA
hsa - mir - 206深圳 UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG
hsa - mir - 613 AGGAAUGUUCCUUCUUUGCC
hsa-miR-1 UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUA
hsa - mir - 206深圳 UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG
hsa - mir - 613 AGGAAUGUUCCUUCUUUGCC
miR-10 2434年 2441年 1、m8 hsa-miR-10a UACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUG
hsa-miR-10b UACCCUGUAGAACCGAAUUUGU
mir - 122 2929年 2935年 1 hsa - mir - 122 a UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGU
mir - 124.1 734年 741年 1、m8 hsa - mir - 124 a UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
miR-124/506 734年 740年 1 hsa - mir - 506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa - mir - 124大脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
hsa - mir - 506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa - mir - 124大脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir - 138 3280年 3287年 1、m8 hsa - mir - 138大脑 AGCUGGUGUUGUGAAUC
mir - 140 453年 459年 m8 hsa - mir - 140大脑 AGUGGUUUUACCCUAUGGUAG
miR-141/200a 1056年 1063年 1、m8 hsa - mir - 141 UAACACUGUCUGGUAAAGAUGG
hsa - mir - 200 a UAACACUGUCUGGUAACGAUGU
mir - 142 - 5 - p 3692年 3699年 1、m8 hsa - mir - 142 - 5 - p CAUAAAGUAGAAAGCACUAC
mir - 155 2955年 2961年 m8 hsa - mir - 155 UUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGG
miR-17-5p / 20/93.mr / 106/519.d 3169年 3176年 1、m8 hsa-miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU
hsa-miR-20a大脑 UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG
hsa - mir - 106 a AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC
hsa - mir - 106 b深圳 UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU
hsa-miR-20b深圳 CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG
hsa - mir - 519 d CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU
miR-19 3712年 3718年 m8 hsa-miR-19a UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA
hsa-miR-19b UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA
mir - 200 bc / 429 1890年 1896年 1 hsa - mir - 200 b UAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAC
hsa - mir - 200 c UAAUACUGCCGGGUAAUGAUGG
hsa - mir - 429 UAAUACUGUCUGGUAAAACCGU
mir - 205 3822年 3828年 1 hsa - mir - 205 UCCUUCAUUCCACCGGAGUCUG
miR-22 3728年 3734年 m8 hsa-miR-22大脑 AAGCUGCCAGUUGAAGAACUGU
miR-29 410年 416年 m8 hsa-miR-29a深圳 UAGCACCAUCUGAAAUCGGUU
hsa-miR-29b深圳 UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUU
hsa-miR-29c深圳 UAGCACCAUUUGAAAUCGGU
mir - 299 - 5 - p 451年 458年 1、m8 hsa - mir - 299 - 5 - p UGGUUUACCGUCCCACAUACAU
mir - 320 3730年 3736年 m8 hsa - mir - 320 AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA
mir - 365 3591年 3597年 m8 hsa - mir - 365 UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAU
mir - 370 3283年 3289年 m8 hsa - mir - 370大脑 GCCUGCUGGGGUGGAACCUGG
mir - 409 - 3 - p 3513年 3519年 m8 hsa - mir - 409 - 3 - p CGAAUGUUGCUCGGUGAACCCCU
mir - 455 1477年 1483年 1 hsa - mir - 455 UAUGUGCCUUUGGACUACAUCG
mir - 485 - 3 - p 1534年 1541年 1、m8 hsa - mir - 485 - 3 - p GUCAUACACGGCUCUCCUCUCU
miR-9 2064年 2070年 1 hsa-miR-9深圳 UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA
米尔- 93. - hd / 291 - 3 - p / 294/295/302/372/373/520 3168年 3174年 m8 hsa - mir - 93大脑 AAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG
hsa - mir - 302 a UAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUGA
hsa - mir - 302 b UAAGUGCUUCCAUGUUUUAGUAG
hsa - mir - 302 c UAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGG
hsa - mir - 302 d UAAGUGCUUCCAUGUUUGAGUGU
hsa - mir - 372 AAAGUGCUGCGACAUUUGAGCGU
hsa - mir - 373 GAAGUGCUUCGAUUUUGGGGUGU
hsa - mir - 520 e AAAGUGCUUCCUUUUUGAGGG
hsa - mir - 520 a AAAGUGCUUCCCUUUGGACUGU
hsa - mir - 520 b AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGG
hsa - mir - 520 c AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGGUU
hsa - mir - 520 d AAAGUGCUUCUCUUUGGUGGGUU