Gene Page:GFPT2
Summary？
| 基因 | 9945 |
| 象征 | GFPT2 |
| Synonyms | GFAT|GFAT 2|GFAT2 |
| Description | glutamine-fructose-6-phosphate transaminase 2 |
| Reference | MIM：603865|HGNC:HGNC:4242|ENSEMBL：ENSG00000131459|HPRD:04842|Vega:OTTHUMG00000163442 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 5Q34-Q35 |
| Pascal p-value | 0.65 |
| Sherlock p-value | 0.731 |
| DMG | 1(# studies) |
| 主持人 | Putamen basal ganglia 元 |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| GSMA_IIA | Genome scan meta-analysis (All samples) | PSR：0.0276 | |
| Literature | High-throughput literature-search | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias | 点击显示详细信息 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中：1 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
差异甲基化基因| Probe | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG23260877 | 5 | 179742954 | GFPT2 | 2.207E-4 | -0.527 | 0.036 | DMG：Wockner_2014 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | pvalue | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS76025377 | 5 | 179722398 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 5.549E-7 | 0.01 | 57989 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs6866031 | 5 | 179724471 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 2.932E-7 | 0.01 | 55916 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS7711688 | 5 | 179725224 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 1.893E-7 | 0.01 | 55163 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs7728939 | 5 | 179725264 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 1.893E-7 | 0.01 | 55123 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS11748698 | 5 | 179727677 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 6.505E-7 | 0.01 | 52710 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS7725 | 5 | 179727957 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 6.754E-7 | 0.01 | 52430 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS11740631 | 5 | 179731113 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 4.935E-7 | 0.01 | 49274 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS77017168 | 5 | 179731297 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 4.935E-7 | 0.01 | 49090 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS57931856 | 5 | 179731328 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 4.935E-7 | 0.01 | 49059 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS3763131 | 5 | 179734312 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 4.934E-7 | 0.01 | 46075 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS888924 | 5 | 179738213 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 6.894 e - | 0.01 | 42174 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs116634077 | 5 | 179739034 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 1.342E-7 | 0.01 | 41353 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS75664354 | 5 | 179740108 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 1.141E-6 | 0.01 | 40279 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS11744073 | 5 | 179740239 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 1.262E-6 | 0.01 | 40148 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS190440456 | 5 | 179740527 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 5.69e-7 | 0.01 | 39860 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS2303007 | 5 | 179740827 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 1.321E-6 | 0.01 | 39560 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS77381392 | 5 | 179745413 | GFPT2 | ENSG00000131459.8 | 6.343E-7 | 0.01 | 34974 | gtex_brain_putamen_basal |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| ARHGAP20 | 0.77 | 0.80 |
| jazf1 | 0.76 | 0.78 |
| TM6SF1 | 0.75 | 0.79 |
| Hivep2 | 0.74 | 0.77 |
| DLG2 | 0.74 | 0.80 |
| PRPS2 | 0.74 | 0.79 |
| PTCHD1 | 0.74 | 0.77 |
| PCDHA5 | 0.74 | 0.75 |
| CDH10 | 0.74 | 0.79 |
| pvrl3 | 0.74 | 0.73 |
| Top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| C11orf67 | -0.49 | -0.51 |
| AC098691.2 | -0.47 | -0.54 |
| Rab34 | -0.46 | -0.51 |
| FXYD1 | -0.46 | -0.38 |
| AP002478.3 | -0.45 | -0.47 |
| ACSF2 | -0.45 | -0.46 |
| slc2a4rg | -0.45 | -0.45 |
| AC021016.1 | -0.44 | -0.41 |
| HSD17B14 | -0.44 | -0.43 |
| AL138743.2 | -0.44 | -0.48 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0004360 | 谷氨酰胺 - 果糖-6-磷酸转氨酸酶（异构化）活性 | TAS | 谷氨酸（GO期限：6） | 10198162 |
| 去：0005529 | 糖结合 | 国际能源机构 | - | |
| GO：0016740 | 转移酶活性 | 国际能源机构 | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO：0016051 | 碳水化合物生物合成过程 | 国际能源机构 | - | |
| 去：0006112 | 能源储备代谢过程 | TAS | 10198162 | |
| 去：0006002 | fructose 6-phosphate metabolic process | TAS | 10198162 | |
| 去:0008152 | 代谢过程 | 国际能源机构 | - | |
| 去：0006541 | 谷氨酰胺代谢过程 | 国际能源机构 | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005737 | cytoplasm | 国际能源机构 | - |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | Target position | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-124/506 | 136 | 142 | M8 | hsa-miR-506 | uaaggcacccuucugugaguaga |
| HSA-MIR-124brain | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
| miR-128 | 287 | 293 | 1a | hsa-miR-128a | ucacagugaaccggucuuuu |
| hsa-miR-128b | ucacagugaaccggucuuc | ||||
| miR-143 | 469 | 476 | 1A，M8 | HSA-MIR-143brain | UGAGAUGAAGCACUGUAGCUCA |
| miR-153 | 830 | 837 | 1A，M8 | HSA-MIR-153 | UUGCAUAGUCACAAAAGUGA |
| mir-219 | 817 | 823 | 1a | hsa-miR-219brain | UGAUUGUCCAAACGCAAUUCU |
| mir-25/32/92/363/367 | 256 | 263 | 1A，M8 | hsa-miR-25brain | Cauugcacuugucucggucuga |
| hsa-miR-32 | uauugcacauacuaaguugc | ||||
| HSA-MIR-92 | uauugcacuugucccgcgcug | ||||
| HSA-MIR-367 | Aauugcacuuuagcaaugga | ||||
| HSA-MIR-92BSZ | uauugcacucgucccgcgcuc | ||||
| miR-27 | 287 | 294 | 1A，M8 | HSA-MIR-27Abrain | uucacaguggcuaaguuccgc |
| HSA-MIR-27Bbrain | uucacaguggcuaaguucugc | ||||
| mir-30-5p | 217 | 224 | 1A，M8 | HSA-MIR-30A-5P | uguaaaacauccuccugagaag |
| hsa-miR-30cbrain | UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC | ||||
| hsa-miR-30dSZ | UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG | ||||
| hsa-miR-30bSZ | uguaaacauccuaccucucagcu | ||||
| hsa-miR-30e-5p | UGUAAACAUCCUUGACUGGA | ||||
| mir-448 | 831 | 837 | 1a | hsa-miR-448 | UUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAU |