基因页：CACNB2

Summary？
基因 783
象征 CACNB2
Synonyms cacnlb2 | cavb2 | mysb
Description calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 2
Reference MIM：600003|HGNC：HGNC：1402|Ensembl：ENSG00000165995|HPRD：02473|Vega:OTTHUMG00000017764
基因类型 蛋白质编码
地图位置 10p12
Pascal P值 1.42E-9
Sherlock p-value 0.13
胎儿β -2.671
主持人 Myers' cis & trans
支持 CompositeSet

Gene in Data Sources
基因集名称 基因的方法设置 Description 信息
简历：Gwascat Genome-wide Association Studies 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。
CV:GWASdb Genome-wide Association Studies 精神分裂症的GWASDB记录
简历：PGC128 全基因组协会研究 多达36,989例和113,075个对照的多阶段精神分裂症GWA。由PGC的精神分裂症工作组报告。128个跨越108个基因座的独立协会
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
CV:Ripke_2013 全基因组协会研究 Multi-stage GWAS, Sweden population and PGC2. 24 leading SNPs
LK:YES 全基因组协会研究 This data set included 99 genes mapped to the 22 regions. The 24 leading SNPs were also included in CV:Ripke_2013
PMID：cooccur High-throughput literature-search PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
Literature High-throughput literature-search Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中：1

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@简历：PGC128

SNP ID 染色体 位置 等位基因 p 功能 Gene 向上/向下距离
RS7893279 Chr10 18745105 TG 3.562e-11 内含子 CACNB2

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS6481737 Chr10 19360952 CACNB2 783 0.13 顺式
rs4509661 Chr10 19362931 CACNB2 783 0.18 顺式
RS4465279 Chr10 19363075 CACNB2 783 0.16 顺式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

No co-expressed genes in brain regions


第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005509 calcium ion binding IEA -
去：0005244 电压门控离子通道活性 IEA -
去：0005245 电压门控钙通道活性 IEA -
去：0005245 电压门控钙通道活性 TAS 9254841
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0007528 神经肌肉连接开发 TAS 突触（GO期限：10） 8494331
去：0006816 钙离子传输 IEA -
去：0006816 钙离子传输 nas -
去：0006811 离子运输 IEA -
Cellular component 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005886 质膜 IEA -
去：0005887 integral to plasma membrane nas 9594024
去：0005891 电压门控钙通道复合物 TAS 9254841

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
kegg mapk信号通路 267 205 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KEGG CARDIAC MUSCLE CONTRACTION 80 51 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KEGG肥厚性心肌病HCM 85 65 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KEGG心律失常右心肌病ARVC 76 59 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KEGG扩张心肌病 92 68 All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME DEVELOPMENTAL BIOLOGY 396 292 All SZGR 2.0 genes in this pathway
跨化学突触的反应组传播 186 155 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome神经元系统 279 221 All SZGR 2.0 genes in this pathway
能量代谢的反应组整合 120 84 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome Axon指导 251 188 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome NCAM1相互作用 39 27 All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME调节胰岛素SECRETION 93 65 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome NCAM信号传导，用于神经突的生长 64 49 All SZGR 2.0 genes in this pathway
反应组抑制肾上腺素去肾上腺素的胰岛素分泌 25 15 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Chemnitz对前列腺素E2 DN的反应 391 222 All SZGR 2.0 genes in this pathway
THUM收缩心力衰竭DN 244 147 All SZGR 2.0 genes in this pathway
周的炎症反应FIMA DN 284 156 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION UP 1278 748 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Perez TP53目标 1174 695 All SZGR 2.0 genes in this pathway
NUYTTEN EZH2 TARGETS DN 1024 594 All SZGR 2.0 genes in this pathway
HADDAD T LYMPHOCYTE AND NK PROGENITOR UP 78 56 All SZGR 2.0 genes in this pathway
LU AGING BRAIN DN 153 120 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏病dn 1237 837 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Chen LVAD支持失败的心脏DN 42 32 All SZGR 2.0 genes in this pathway
罗德韦尔老化的肾脏DN 145 88 All SZGR 2.0 genes in this pathway
LEE CALORIE RESTRICTION NEOCORTEX DN 88 58 All SZGR 2.0 genes in this pathway
贝尔德糖尿病性肾病DN 434 302 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Acevedo肝癌，H3K27me3 UP 295 149 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Acevedo肝癌与H3K9me3 UP 141 75 All SZGR 2.0 genes in this pathway
肝癌DN中的阿塞维多甲基化 940 425 All SZGR 2.0 genes in this pathway
甜肺癌Kras DN 435 289 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Browne HCMV感染1小时DN 222 147 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Alfano MYC目标 239 156 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Pedrioli mir31靶向DN 418 245 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Rattenbacher由Celf1绑定 467 251 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-101 540 546 M8 hsa-miR-101 uacaguacugauaacugaag
hsa-miR-101 uacaguacugauaacugaag
mir-124.1 490 496 M8 HSA-MIR-124A UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
mir-124/506 490 496 1a HSA-MIR-506 uaaggcacccuucugugaguaga
HSA-MIR-124brain UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-128 1265 1271 1a hsa-miR-128a ucacagugaaccggucuuuu
hsa-miR-128b ucacagugaaccggucuuc
miR-145 1279 1285 1a HSA-MIR-145 guccaguuucccaggaaucccuu
miR-151 729 735 1a HSA-MIR-151brain Acuagacugaagcucuugagg
miR-181 814 820 M8 HSA-MIR-181Abrain AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU
HSA-MIR-181BSZ aacauucauugcugucggggg
HSA-MIR-181Cbrain AACAUUCAACCUGUCGGUGAGU
HSA-MIR-181Dbrain aacauucauuguugucggggguggguu
miR-182 1187 1193 1a HSA-MIR-182 uuuggcaaugguagaacucaca
miR-199 958 964 1a HSA-MIR-199A CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC
HSA-MIR-199B cccaguguuuagacuaucuuc
HSA-MIR-199A CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC
HSA-MIR-199B cccaguguuuagacuaucuuc
mir-208 647 653 1a hsa-miR-208 auaagacgaaaaaagcuugu
mir-26 1555 1561 1a HSA-MIR-26Abrain UUCAAGUAAUCCAGGAUAGGC
HSA-MIR-26BSZ UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU
mir-27 1265 1271 M8 HSA-MIR-27Abrain uucacaguggcuaaguuccgc
HSA-MIR-27Bbrain uucacaguggcuaaguucugc
mir-30-5p 1329 1336 1A，M8 HSA-MIR-30A-5P uguaaaacauccuccugagaag
hsa-miR-30cbrain UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC
hsa-miR-30dSZ UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG
hsa-miR-30bSZ uguaaacauccuaccucucagcu
hsa-miR-30e-5p UGUAAACAUCCUUGACUGGA
mir-31 487 493 M8 HSA-MIR-31 Aggcaagaugcuggcauagcug
mir-339 684 690 1a hsa-miR-339 ucccuccuccaggagcuca
mir-376c 529 536 1A，M8 HSA-MIR-376C aacauagaggaaauuccacg
miR-378 707 713 1a HSA-MIR-378 CUCCUGACUCCAGGUCCUGUGU
mir-410 599 605 1a hsa-miR-410 aauauaacacagauggcugu
mir-452 579 586 1A，M8 hsa-miR-452 UGUUUGCAGAGGAAACUGAGAC
miR-499 646 653 1A，M8 HSA-MIR-499 UUAAGACUUGCAGUGAUGUUUAA
mir-543 568 574 1a hsa-miR-543 aaacauucgcggugcacuucu
mir-9 1510 1516 M8 HSA-MIR-9SZ ucuuuguuaucuagcuguauga
mir-96 1187 1193 1a HSA-MIR-96brain uuuggcacuagcacauuuuugc