基因页：EFNB1

概括?
基因ID 1947年
Symbol EFNB1
同义词 cfnd | cfns | efb1 | efl3 | eplg2 | elk-l | lerk2
描述 ephrin-b1
参考 MIM：300035|HGNC：HGNC：3226|Ensembl：ENSG0000000090776|HPRD:02072|Vega:OTTHUMG00000021751
基因type protein-coding
地图位置 XQ12
Fetal beta 0.993

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
CV:GWAScat 全基因组关联研究 This data set includes 560 SNPs associated with schizophrenia. A total of 486 genes were mapped to these SNPs within 50kb.
CV:PGC128 全基因组协会研究 多达36,989例和113,075个对照的多阶段精神分裂症GWA。由PGC的精神分裂症工作组报告。128个跨越108个基因座的独立协会
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 2
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 0.0172

第一节遗传学和表观遗传学注释

@CV:PGC128

SNP ID Chromosome Position Allele P Function 基因 Up/Down Distance
rs5937157 chrX 68377126 TG 5.742e-11 intergenic EFNB1,PJA1 dist=315120;dist=3455


Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
GRIN2A 0.91 0.86
DLGAP2 0.90 0.82
MEF2D 0.89 0.74
diras2 0.89 0.77
TMEM132D 0.88 0.82
KCNB1 0.88 0.76
IQSEC2 0.88 0.82
Trhde 0.88 0.86
MFSD4 0.87 0.88
PITPNM3 0.87 0.86
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
Bcl7c -0.46 -0.57
HEBP2 -0.46 -0.66
GTF3C6 -0.43 -0.45
RPL23A -0.43 -0.52
FADS2 -0.43 -0.39
C9orf46 -0.42 -0.48
C21orf57 -0.42 -0.49
TRAF4 -0.41 -0.50
RPS12 -0.41 -0.56
Dynlt1 -0.40 -0.56

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005515 protein binding 新闻学会 9883737
GO:0005515 protein binding ISS -
GO:0046875 ephrin receptor binding 塔斯 8798744
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007411 axon guidance IEA Axon（GO期限：13） -
去：0007399 神经系统的发展 IEA neurite (GO term level: 5) -
去：0001755 neural crest cell migration IEA -
去：0007155 细胞粘附 塔斯 8798744
GO:0007267 cell-cell signaling 塔斯 8798744
GO:0009880 embryonic pattern specification IEA -
去：0007275 多细胞生物发育 IEA -
去：0030154 cell differentiation IEA -
GO：0042102 T细胞增殖的阳性调节 IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO：0045202 synapse ISS 神经元，突触，神经递质，神经胶质（GO期限：2） -
GO:0005625 可溶性部分 塔斯 8798744
GO:0016020 膜 IEA -
GO:0005887 质膜的积分 塔斯 8660976
GO：0045121 膜筏 IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
EPHA3 ETK | ETK1 | HEK | HEK4 | TYRO4 EPH受体A3 Reconstituted Complex BioGRID 9195962
EPHB1 麋鹿|epht2 |FLJ37986 |hek6 |网 EPH受体B1 The membrane bound ligand ELK-L interacts with the receptor ELK. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between ELK-L from human and ELK from rat. BIND 7973638|8755474
EPHB1 麋鹿|epht2 |FLJ37986 |hek6 |网 EPH受体B1 - HPRD，Biogrid 10669731|12223469
EPHB2 CAPB | DRT | EPHT3 | ERK | Hek5 | MGC87492 | PCBC | Tyro5 EPH受体B2 - HPRD 8878483
EPHB2 CAPB | DRT | EPHT3 | ERK | Hek5 | MGC87492 | PCBC | Tyro5 EPH受体B2 膜结合的配体ELK-L与受体NUK相互作用。这种相互作用是在人类和NUK的ELK-L之间的相互作用上建模的。 BIND 8755474
grip2 - glutamate receptor interacting protein 2 in vitro
体内
两个杂交		 BioGRID 9883737|10197531
NCK2 GRB4 | NCKbeta NCK适配器蛋白2 - HPRD 11557983
PICK1 MGC15204 | PICK | PRKCABP 蛋白质与prkca 1相互作用 - HPRD，Biogrid 9883737
PTPN13 DKFZp686J1497 | FAP-1 | PNP1 | PTP-BAS | PTP-BL | PTP1E | PTPL1 | PTPLE protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 (APO-1/CD95 (Fas)-associated phosphatase) - HPRD，Biogrid 9920925
RGS3 C2PA |FLJ20370 |FLJ31516 |FLJ90496 |PDZ-RGS3 |rgp3 G蛋白信号传导的调节剂3 - HPRD，Biogrid 11301003
SDCBP MDA-9 | ST1 | SYCL | TACIP18 syndecan binding protein (syntenin) - HPRD，Biogrid 9920925
Sorbs1 CAP | DKFZp451C066 | DKFZp586P1422 | FLAF2 | FLJ12406 | KIAA1296 | R85FL | SH3D5 | SH3P12 | SORB1 sorbin and SH3 domain containing 1 - HPRD 11557983
SRC ASV |src1 |C-SRC |P60-SRC v-src sarcoma (Schmidt-Ruppin A-2) viral oncogene homolog (avian) - HPRD，Biogrid 8878483


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG AXON GUIDANCE 129 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID EPHB FWD PATHWAY 40 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID EPHRINB REV PATHWAY 30 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应角质形成细胞 530 342 该途径中的所有SZGR 2.0基因
血清剥夺的Graessmann凋亡 552 347 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN UP 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graessmann对MC和阿霉素的反应 612 367 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HUMMERICH SKIN CANCER PROGRESSION DN 100 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIEN BREAST CARCINOMA METAPLASTIC VS DUCTAL UP 83 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath Suz12目标 1038 678 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SAKAI CHRONIC HEPATITIS VS LIVER CANCER DN 36 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH HEMATOPOIESIS STEM CELL FGF3 8 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TARTE PLASMA CELL VS PLASMABLAST UP 398 262 该途径中的所有SZGR 2.0基因
外邦紫外线低剂量 27 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21目标2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HENDRICKS SMARCA4 TARGETS DN 53 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TSENG IRS1 TARGETS DN 135 88 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JACKSON DNMT1 TARGETS DN 25 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILD HRAS ONCOGENIC SIGNATURE 261 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
道格拉斯BMI1靶向 566 371 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kyng环境压力反应不是WS中伽马的 33 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kyng DNA损伤DN 195 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG ENVIRONMENTAL STRESS RESPONSE UP 56 41 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS UP 673 430 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martinez TP53目标DN 593 372 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS DN 591 366 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VART KSHV INFECTION ANGIOGENIC MARKERS UP 165 118 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOFFMANN SMALL PRE BII TO IMMATURE B LYMPHOCYTE DN 50 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
米利假足型haptotaxis dn 668 419 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOSHIDA LIVER CANCER SUBCLASS S1 237 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 ETS融合的Miyagawa目标 259 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TERAO AOX4 TARGETS SKIN UP 38 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIM MAMMARY STEM CELL UP 489 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-103/107 834 840 1A HSA-MIR-103脑 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA
HSA-MIR-107脑 agcagcauuguacgggcuauca
mir-124/506 200 206 m8 HSA-MIR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-129-5p 730 736 1A hsa-miR-129脑 CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC
HSA-MIR-129-5P CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCU
mir-140 1496 1502 1A hsa-miR-140脑 agugguuuuacccuaugguag
mir-15/16/195/424/497 1178 1184 1A hsa-miR-15a脑 UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG
HSA-MIR-16脑 uagcagcacguaaauauuggcg
hsa-miR-15b脑 uagcagcacaucaugguuaca
hsa-miR-195SZ UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC
HSA-MIR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
hsa-miR-497 CAGCAGCACACUGUGGUUUGU
mir-150 1303 1309 1A hsa-miR-150 ucucccaacccuuguaccagug
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 1148 1154 m8 hsa-miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU
HSA-MIR-20A脑 uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG
hsa-miR-519d CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU
mir-185 936 942 m8 hsa-miR-185脑 Uggagaaaggcaguuc
miR-208 799 805 1A HSA-MIR-208 AUAAGACGAGCAAAAAGCUUGU
mir-34/449 1189 1195 1A HSA-MIR-34A脑 UGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUU
HSA-MIR-34C AGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGC
HSA-MIR-449 uggcaguguauuguagcuggu
HSA-MIR-449b Aggcaguguauuguuagcuggc
mir-381 1425 1431 1A hsa - mir - 381 UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU
mir-491 63 69 1A hsa-miR-491脑 AGUGGGGAACCCUUCCAUGAGGA
mir-496 1412 1418 1A hsa-miR-496 AUUACAUGGCCAAUCUC
mir-499 799 805 1A hsa-miR-499 uuaagacuugcagugauguuaa
miR-503 1178 1184 1A HSA-MIR-503 uagcagcgggaacaguucugcag