SZGR2 - Beplay体育中心

Summary？

基因	2898
象征	GRIK2
Synonyms	eaa4 \| glr6 \| gluk6 \| glur6 \| gluk2 \| mrt6
Description	谷氨酸离子型受体海藻酸盐型亚基2
Reference	MIM:138244\|HGNC:HGNC:4580\|ENSEMBL：ENSG00000164418\|HPRD:00692\|Vega:OTTHUMG00000016328
基因类型	蛋白质编码
Map location	6Q16.3
Pascal p-value	0.002
胎儿β	1.717
Support	配体门控离子信号传导 g2cdb.human_pocklingtonh1 G2CDB.HUMAN_TAP-PSD-95核 G2CDB.HUMANNRC G2Cdb.humanPSD G2CDB.HUMANPSP 潜在的突触基因

Gene in Data Sources

基因集名称	Method of gene set	Description	信息
CV:GWASdb	Genome-wide Association Studies	精神分裂症的GWASDB记录
CV:PGCnp	Genome-wide Association Study	GWAS
PMID：cooccur	High-throughput literature-search	PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
协会	A combined odds ratio method (Sun等。2008), association studies	1	Link to SZGene
Literature	High-throughput literature-search	与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症	点击显示详细信息
go_annotation	将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释	与神经相关关键字的命中：7
Network	Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network	PPI网络中最短路径的贡献：15.5

Section I. Genetics and epigenetics annotation

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
Gene	Pearson's Correlation	斯皮尔曼的相关性
MTMR9	0.88	0.93
NRXN1	0.88	0.92
CPEB4	0.88	0.92
KIAA0317	0.88	0.93
inpp4a	0.88	0.92
GABRB3	0.87	0.92
Atrn	0.87	0.92
AVL9	0.87	0.92
GNAQ	0.87	0.91
atp9a	0.87	0.92

Top 10 negatively co-expressed genes
Gene	Pearson's Correlation	斯皮尔曼的相关性
AF347015.31	-0.65	-0.74
FXYD1	-0.65	-0.71
MT-CO2	-0.64	-0.75
HIGD1B	-0.63	-0.74
AC021016.1	-0.63	-0.71
AF347015.33	-0.63	-0.69
COPZ2	-0.62	-0.67
AF347015.8	-0.62	-0.73
mt-cyb	-0.62	-0.70
AF347015.27	-0.62	-0.70

第三节。基因本体论注释

分子功能	去学期	证据	神经关键字	PubMed ID
去：0005234	细胞外谷氨酸门控离子通道活性	IEA	glutamate (GO term level: 11)	-
GO：0015277	kainate selective glutamate receptor activity	IDA	glutamate (GO term level: 8)	15537878
GO:0004872	受体活性	IEA		-
去：0005216	ion channel activity	IEA		-
生物过程	去学期	证据	神经关键字	PubMed ID
GO：0048172	调节短期神经元突触可塑性	IMP	神经元，突触（GO期限：10）	15537878
去：0007215	谷氨酸信号通路	TAS	glutamate (GO term level: 7)	7536611
GO:0050806	positive regulation of synaptic transmission	IMP	神经元,Synap(术语层面:9)	15537878
GO：0051402	neuron apoptosis	IDA	神经元，轴突，树突（GO期限：7）	15537878
去：0006811	ion transport	IEA		-
GO：0031557	对化学刺激的诱导诱导程序性细胞死亡	nas		15537878
Cellular component	去学期	证据	神经关键字	PubMed ID
GO:0045211	postsynaptic membrane	IEA	突触，神经递质（GO期限：5）	-
GO:0045202	突触	IEA	neuron, Synap, Neurotransmitter, Glial (GO term level: 2)	-
去：0005886	plasma membrane	IEA		-
去：0005887	integral to plasma membrane	TAS		7536611
GO:0030054	cell junction	IEA		-

Section IV. Protein-protein interaction annotation

互动者	别名b	官方全名b	实验	Source	PubMed ID
CASK	CAGH39 \|CMG \|FLJ22219 \|FLJ31914 \|lin2 \|Micpch \|TNRC8	calcium/calmodulin-dependent serine protein kinase (MAGUK family)	-	HPRD	12151522
CDH2	CD325 \| CDHN \| CDw325 \| NCAD	钙粘蛋白2，1型，N-钙粘蛋白（神经元）	-	HPRD	12151522
CTNNB1	ctnnb \|DKFZP686D02253 \|FLJ25606 \|FLJ37923	Catenin（cadherin相关蛋白），β1，88KDA	-	HPRD	12151522
ctnnd1	CAS \| CTNND \| KIAA0384 \| P120CAS \| P120CTN \| p120	catenin (cadherin-associated protein), delta 1	-	HPRD	12151522
DLG1	DKFZP761P0818 \|DKFZP781B0426 \|dlgh1 \|SAP97 \|DJ1061C18.1.1 \|HDLG	discs, large homolog 1 (Drosophila)	-	HPRD,BioGRID	11279111
DLG3	KIAA1232 \|MRX \|MRX90 \|NE-DLG \|nedlg \|SAP102	圆盘，大型同源物3（果蝇神经内分泌-DLG，果蝇）	-	HPRD	12070168
DLG3	KIAA1232 \|MRX \|MRX90 \|NE-DLG \|nedlg \|SAP102	圆盘，大型同源物3（果蝇神经内分泌-DLG，果蝇）	亲和力捕获 - 韦斯特恩	Biogrid	9808460
DLG4	FLJ97752 \|FLJ98574 \|PSD95 \|SAP90	圆盘，大型同源物4（果蝇）	-	HPRD	9808460\|11276111 \|12597860
DLG4	FLJ97752 \|FLJ98574 \|PSD95 \|SAP90	圆盘，大型同源物4（果蝇）	亲和力捕获 - 韦斯特恩重构的复合物	Biogrid	9808460\|11279111 \|12597860
gria1	GLUH1 \| GLUR1 \| GLURA \| HBGR1 \| MGC133252	glutamate receptor, ionotropic, AMPA 1	亲和力捕获 - 韦斯特恩	Biogrid	8288598
gria1	GLUH1 \| GLUR1 \| GLURA \| HBGR1 \| MGC133252	glutamate receptor, ionotropic, AMPA 1	-	HPRD	10358037
gria2	GLUR2 \| GLURB \| GluR-K2 \| HBGR2	glutamate receptor, ionotropic, AMPA 2	亲和力捕获 - 韦斯特恩	Biogrid	8288598
网格2	MGC117022 \|MGC117023 \|MGC117024	谷氨酸受体，离子型，三角洲2	亲和力捕获 - 韦斯特恩	Biogrid	12573530
网格2	MGC117022 \|MGC117023 \|MGC117024	谷氨酸受体，离子型，三角洲2	Glur6与Glur-Delta-2相互作用	绑定	12573530
GRIK4	EAA1 \|Grik \|KA1	谷氨酸受体，离子型，海藻酸盐4	-	HPRD	8288598\|12954862
GRIK5	EAA2 \|grik2 \|KA2	谷氨酸受体，离子型，海藻酸盐5	-	HPRD,BioGRID	9466455
GRIP1	GRIP	谷氨酸受体相互作用蛋白1	重构的复合物	Biogrid	11891216\|12597860
Pick1	MGC15204 \|选择\|prkcabp	protein interacting with PRKCA 1	-	HPRD,BioGRID	12597860
SDCBP	MDA-9 \|ST1 \|SYCL \|Tacip18	联合结合蛋白（同步）	-	HPRD,BioGRID	12597860

Section V. Pathway annotation

路径名	路径大小	# SZGR 2.0 genes in pathway	信息
KEGG NEUROACTIVE LIGAND RECEPTOR INTERACTION	272	195	All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME TRANSMISSION ACROSS CHEMICAL SYNAPSES	186	155	All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME NEURONAL SYSTEM	279	221	All SZGR 2.0 genes in this pathway
反应组神经递质受体结合和突触后细胞中的下游传播	137	110	All SZGR 2.0 genes in this pathway
谷氨酸结合上海藻酸盐受体的反应组激活	31	23	All SZGR 2.0 genes in this pathway
海藻酸盐受体的反应组离子型活性	11	11	All SZGR 2.0 genes in this pathway
ODONNELL TFRC TARGETS UP	456	228	All SZGR 2.0 genes in this pathway
ZHOU INFLAMMATORY RESPONSE FIMA UP	544	308	All SZGR 2.0 genes in this pathway
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION UP	1278	748	All SZGR 2.0 genes in this pathway
BROWNE HCMV INFECTION 24HR DN	148	102	All SZGR 2.0 genes in this pathway
ULE SPLICING VIA NOVA2	43	38	All SZGR 2.0 genes in this pathway
贝尔德糖尿病性肾病DN	434	302	All SZGR 2.0 genes in this pathway
RIGGI EWING SARCOMA PROGENITOR UP	430	288	All SZGR 2.0 genes in this pathway
H3K27ME3 DN的Acevedo肝癌	228	114	All SZGR 2.0 genes in this pathway
肝癌DN中的阿塞维多甲基化	940	425	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Labbe TGFB1靶向	102	64	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nutt GBM与AO Glioma DN	45	22	All SZGR 2.0 genes in this pathway
YAGI AML WITH 11Q23 REARRANGED	351	238	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Meissner NPC HCP带有H3K4ME2	491	319	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Browne HCMV感染4小时	55	41	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Hoelzel NF1靶向	139	93	All SZGR 2.0 genes in this pathway
棕熊UVC响应很晚	317	190	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Zwang仅通过第二EGF脉冲瞬时向上	1725	838	All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族	Target position			miRNA ID	mirna seq
mirna家族	UTR开始	UTR结束	匹配方法	miRNA ID	mirna seq
Let-7/98	105	111	1a	hsa-let-7a^brain	ugagguaguaguauauaguu
				hsa-let-7b^brain	ugagguaguagguuguguguguu
				hsa-let-7c^brain	UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU
				hsa-let-7d^brain	AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGU
				hsa-let-7e^brain	ugagguaggagguuauauagu
				hsa-let-7f^brain	UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU
				HSA-MIR-98^brain	ugagguaaguuguauuguu
				hsa-let-7g^SZ	UGAGGUAGUAGUUUGUACAGU
				hsa-let-7i^brain	ugagguaguugugugugugcugu
miR-153	77	83	1a	HSA-MIR-153	UUGCAUAGUCACAAAAGUGA
miR-181	246	252	M8	HSA-MIR-181A^brain	AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU
				HSA-MIR-181B^SZ	aacauucauugcugucggggg
				HSA-MIR-181C^brain	AACAUUCAACCUGUCGGUGAGU
				HSA-MIR-181D^brain	aacauucauuguugucggggguggguu
mir-217	282	288	M8	hsa-miR-217	uacugcaucagaacugauuggau
mir-218	21	28	1A，M8	hsa-miR-218^brain	UUGUGCUUGAUCUAACCAUGU
miR-363	87	93	1a	HSA-MIR-363	auugcacgguauccaucuguaa
miR-376	122	129	1A，M8	HSA-MIR-376A	aucauagaaaaauccacgu
miR-376	122	129	1A，M8	HSA-MIR-376B	AUCAUAGAGGAAAAUCCAUGUU
mir-448	76	83	1A，M8	hsa-miR-448	UUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAU
miR-494	61	67	M8	HSA-MIR-494^brain	ugaaacauacgggaaaccucuu
mir-543	59	65	M8	hsa-miR-543	aaacauucgcggugcacuucu
mir-543	59	65	M8	hsa-miR-543	aaacauucgcggugcacuucu

SZ：在精神分裂症患者的脑皮质中差异表达的miRNA与使用微阵列进行对照样品进行比较。点击hereto see the list of SZ related miRNAs.
大脑：基于miRNA微阵列表达研究在大脑中表达的miRNA。点击here查看与大脑相关的miRNA列表。

Gene Page:GRIK2