概括
基因 57502
象征 nlgn4x
同义词 aspgx2 | autsx2 | hlnx | hnl4x | nlgn4
描述 神经素4,X连接
参考 MIM:300427|HGNC:HGNC:14287|ENSEMBL:ENSG00000146938|HPRD:02336|Vega:Otthumg00000021093
基因类型 蛋白质编码
地图位置 XP22.33
Sherlock P值 0.656
胎儿β 0.496
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别
支持 细胞粘附和透射信号传导

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历:Gwascat 全基因组关联研究 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。
CV:GWASDB 全基因组关联研究 精神分裂症的GWASDB记录
简历:PGC128 全基因组协会研究 多达36,989例和113,075个对照的多阶段精神分裂症GWA。由PGC的精神分裂症工作组报告。128个跨越108个基因座的独立协会
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
PMID:cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关关键字的命中:3

第一节遗传学和表观遗传学注释

@简历:PGC128

SNP ID 染色体 位置 等位基因 p 功能 基因 向上/向下距离
RS12845396 Chrx 6029533 3.137E-7 内含子 nlgn4x

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS6586252 CHR21 44276386 nlgn4x 57502 0.16 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域没有共表达基因


第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0042043 神经毒素结合 IPI 突触(GO期限:4) 18093521
GO:0042803 蛋白质同构化活性 艾达 18093521
GO:0031404 氯离子结合 艾达 18093521
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0050808 突触组织 小鬼 神经元,突触(GO期限:5) 15150161
GO:0050808 突触组织 nas 神经元,突触(GO期限:5) 11368788
去:0007155 细胞粘附 IEA -
GO:0035176 社会行为 小鬼 12669065
GO:0045216 细胞电池连接组织 nas 11368788
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0005634 艾达 18029348
去:0016020 IEA -
去:0009986 细胞表面 艾达 15150161|17292328
去:0005887 质膜的积分 艾达 11368788

V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
kegg细胞粘附分子凸轮 134 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Davicioni分子臂与ERMS 332 228 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Corre多发性骨髓瘤DN 62 41 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLII融合的Kinsey目标 1278 748 该途径中的所有SZGR 2.0基因
剑麻结肠直肠腺瘤DN 291 176 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lindgren膀胱癌群集1 121 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
里克曼头颈癌 100 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath ES 1 379 235 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德韦尔老化的肾脏 487 303 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nielsen Schwannoma Up 18 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wang Smarce1靶向 280 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee转移和替代剪接 74 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Massarweh tamoxifen抗性 578 341 该途径中的所有SZGR 2.0基因
riggi ewing肉瘤祖先 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee早期T淋巴细胞向上 107 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rattenbacher由Celf1绑定 467 251 该途径中的所有SZGR 2.0基因