基因页面:TRANK1
总结吗?
| GeneID | 9881年 |
| 象征 | TRANK1 |
| 同义词 | LBA1 |
| 描述 | 包含1 tetratricopeptide重复和锚蛋白重复 |
| 参考 | HGNC: HGNC: 29011|运用:ENSG00000168016|织女:OTTHUMG00000155848 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 3 p22.2 |
| 帕斯卡假定值 | 3.587 e-9 |
| 夏洛克假定值 | 0.591 |
| 胎儿β | -0.518 |
| DMG | 1(#研究) |
| eGene | 迈尔斯的顺式和反式 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:GWAScat | 全基因组关联研究 | 这个数据集包含560个snp与精神分裂症有关。总共有486个基因映射到这些snp在50 kb。 | |
| 简历:GWASdb | 全基因组关联研究 | 精神分裂症GWASdb记录 | |
| 简历:PGC128 | 全基因组关联研究 | 一个多阶段精神分裂症GWAS的36989例和113075控制。包括精神分裂症工作组的报告。128年独立协会跨越108位点 | |
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| DMG: Jaffe_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 这个数据集包括2104探针/论文认定与深圳病人(n = 108)比136年控制在Bonferroni-adjusted P < 0.05。 | 1 |
| PMID: cooccur | 高通量文献检索 | 系统搜索PubMed的基因共病SCZ关键词。总共有3027个基因包括在内。 | |
| 文学 | 高通量文献检索 | 与精神分裂症Co-occurance关键词:精神分裂症、精神分裂,神经 | 点击显示详细信息 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
简历:PGC128
简历:PGC128| SNP ID | 染色体 | 位置 | 等位基因 | P | 函数 | 基因 | 上/下距离 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs75968099 | chr3 | 36858583 | TC | 3.386 e-12 | 基因间的 | DCLK3, TRANK1 | dist = 77231; dist = 9725 |
不同甲基化基因
| 探针 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | P (dis) | β(dis) | 罗斯福(dis) | 研究 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg01349853 | 3 | 36986697 | TRANK1 | 5.71 e-8 | -0.012 | 1.46 e-5 | DMG: Jaffe_2016 |
eQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs16829545 | chr2 | 151977407 | TRANK1 | 9881年 | 0.01 | 反式 | ||
| rs3845734 | chr2 | 171125572 | TRANK1 | 9881年 | 0.11 | 反式 | ||
| rs7584986 | chr2 | 184111432 | TRANK1 | 9881年 | 0.03 | 反式 | ||
| rs7036187 | chr9 | 88602015 | TRANK1 | 9881年 | 0.04 | 反式 | ||
| rs16955618 | chr15 | 29937543 | TRANK1 | 9881年 | 4.999 e-5 | 反式 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
中的基因在大脑区域
| 前10名中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| SGTA | 0.93 | 0.94 |
| MANEAL | 0.93 | 0.93 |
| ZNF574 | 0.93 | 0.92 |
| COBRA1 | 0.92 | 0.93 |
| TOR2A | 0.92 | 0.91 |
| SIGMAR1 | 0.92 | 0.91 |
| FZR1 | 0.92 | 0.94 |
| 即 | 0.92 | 0.93 |
| GPR172A | 0.92 | 0.92 |
| SCAP | 0.92 | 0.92 |
| 十大负面中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| AF347015.31 | -0.72 | -0.81 |
| MT-CO2 | -0.72 | -0.82 |
| AF347015.33 | -0.71 | -0.81 |
| AF347015.27 | -0.71 | -0.81 |
| AF347015.8 | -0.69 | -0.82 |
| MT-CYB | -0.69 | -0.80 |
| AF347015.21 | -0.67 | -0.84 |
| C5orf53 | -0.66 | -0.70 |
| AF347015.15 | -0.66 | -0.78 |
| S100B | -0.66 | -0.75 |
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0005488 | 绑定 | 国际能源机构 | - - - - - - |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 父母MTOR信号了 | 567年 | 375年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| DN GOZGIT ESR1目标 | 781年 | 465年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SCHLOSSER血清反应了 | 134年 | 93年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 多尔STAT3 DN的目标 | 50 | 34 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| NUYTTEN NIPP1的目标了 | 769年 | 437年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| NUYTTEN EZH2的目标了 | 1037年 | 673年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 彭雷帕霉素的反应了 | 203年 | 130年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| LEIN神经元标记 | 69年 | 45 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 张核心DN血清反应 | 209年 | 137年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 开罗肝母细胞癌类DN | 210年 | 141年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 詹多发性骨髓瘤MF DN | 41 | 28 | 所有SZGR 2.0基因通路 |