miRNA目标预测

我们数据库中使用的miRNA是从几个miRNA表达出版物中收集的。详细说明，我们将它们归类为精神分裂症相关的miRNA，大脑分别表达miRNA和非脑表示miRNA。对于精神分裂症相关的miRNA，两项独立研究已经确定了在精神分裂症患者脑皮质中与使用微倒立的对照样品相比，在精神分裂症患者脑皮质中表达的18个miRNA（16个来自珀金斯等。2007和2贝弗里奇等。2008）。我们收集了所有这些，并表示为SZ miRNA在我们的数据库中。对于大脑表达的miRNA，我们研究了miRNA微阵列表达数据和几个miRNA调控调查论文（Burmistrova等。2007;贝弗里奇等。2008;Zhang and Su 2008）。删除了我们之前已经确定的SZ miRNA后，我们得到了87个大脑表示miRNA，并表示它们为脑miRNA在我们的数据库中。最后，我们从两个大规模miRNA表达地图集研究中收集了在非脑组织中表达的miRNA（Landgraf等。2007;Liang等。2007）。在去除以前被归类为SZ或脑miRNA的miRNA之后，我们得到了非脑表示miRNA的列表。

我们使用了targetscan（4.2版）预测我们构建的精神分裂症候选基因中的miRNA靶标。Targetscan将成熟miRNA的2到7定义为其种子序列，并使用此种子序列进行预测。自从mirna家族由具有相同种子序列的miRNA组成，基因上的靶位点在miRNA家族的术语中是相同的。对于在哺乳动物或脊椎动物中保守的miRNA，我们限制了预测的目标部位在整个物种之间是保守的。对于哺乳动物中的非征收miRNA，我们使用了保守和不保守的预测目标位点，因此所得的目标位点将远远超过保守miRNA预测的目标位点。

MiRNA种子匹配类型的靶标的是1A，M8或两者。

• 1a：7mer-1a，与成熟miRNA（种子）的2-7位置的确切匹配，然后是A a'
• M8：7mer-M8，与成熟miRNA的2-8位置的确切匹配（种子 +位置8）
• 1A，M8：与成熟miRNA的2-8位置（种子 +位置8）的确切匹配，然后是“ A”