1 BMC精神病学2016年-1 16:154
PMID 27206773
标题 使用最小转化的QPCR数据验证参考基因:人皮层中的发现和精神分裂症的结果。
抽象的 当使用定量实时聚合酶链反应(QPCR)以使mRNA水平归一化以参考基因mRNA时,这是常见的做法,根据定义,该基因mRNA不应因任何疾病的病因或药物治疗而变化。人类中枢神经系统的复杂性意味着任何基因都不可能满足这些标准。
为了解决这个问题,我们测量了六个潜在参考基因的mRNA水平(GAPDH,PPIA,SNCA,NOL9,TFB1M和SKP1)在30个受试者的三个皮质区域(Brodmann的区域(BA)8、9和44)中精神分裂症以及30岁和性别匹配的对照。我们使用结构化的统计方法来检查这些数据的特征,以确定它们作为参考基因的适用性。我们还使用Pair-Gene?CT的标准偏差以及Best Keepere,Normfinder和Genorm算法的标准偏差的平均值来确定的平均值来分析我们的数据,以确定它们是否建议相同的参考基因。
我们的最低得出的数据表明,在皮质区域之间所有六个基因的mRNA水平都不同,因此没有基因满足用作参考基因的绝对要求。由于某些基因的某些mRNA水平与来自患有受试者的皮质区域内的诊断没有变化精神分裂症与对照组相比,我们将所有其他基因的mRNA归一水平的mRNA归一化为mRNA,在每个皮质区域中为一个,两个或三个参考基因。这表明,使用至少两个参考基因的几何平均值给出了更多可再现的结果。最后,使用参考基因​​排名方案,配对?ct,BestKeeper,Normfinder和Genorm的标准偏差的平均值我们表明,这些方法对潜在参考基因的排名不同。然后,我们展示了将受试者的数据与精神分裂症控制因素取决于选择的参考基因。
我们的数据表明,参考基因的选择是QPCR研究设计的重要组成部分,因此,选择参考基因的过程必须清楚地列为研究人CNS中基因表达的潜在混杂。这应该包括表明,使用最小得出的QPCR数据,提出的参考基因的mRNA水平与诊断和CNS区域等变量不会变化。
SCZ关键字 精神分裂症
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