西德尼王博士,博士学位。
人类遗传学助理教授,中心
电子邮件地址:Hsi.Ming.S.Wang@uth.tmc.edu
电话号码:713-500-2427
房间号码:SRB 530克
叙述
调节基因表达是一系列生物过程的基础。在开发过程中从细胞命运决定在肿瘤发生恶性转变,精确地控制基因表达形式这些过程的基础。然而,我们目前的理解基因调控远未完成。大多数已发表的研究概要基因表达是transcript-centric(即他们关注测量mRNA水平和转录因子水平绑定)。尽管这些努力揭示复杂网络之间的协同转录因子在塑造复杂的生物过程,转录后的调控是未知的。目前尚不清楚是否蛋白质翻译的过程是由一个网络复杂性的因素在某种程度上类似于转录监管。我们会问这样的问题“序列特定RNA结合蛋白(RBP)在控制合作翻译?”、“有平移监管网络,协调至关重要的生物过程?”。我们的研beplay苹果手机能用吗究项目重点解决这些问题在生物环境与人类健康相关。我们当前的目标是开发新颖的工具系统研究RBP绑定;调查监管职能的上游开放阅读框架(uORFs); and to integrate these functional genomics annotations with results from genetic studies, in order to fine map the regulatory variants and to provide mechanistic understanding for disease associated variants.
当前的项目
小说和uORF编码区域
上游开放阅读框架(uORF)在坐标系对启动和停止密码子存在的5 'utr编码记录。
翻译在uORF影响翻译的主要子。uORF监管的例子包括HIF1-alpha翻译在缺氧条件下监管。系统性调查uORF函数的挑战主要是因为有限的注释。我们最近开发了一个统计模型对genomic-data-driven注释的编码序列(riboHMM) (Raj,小王和垫片et al ., 2016)。使用这种方法,我们发现成千上万的小说cod荷兰国际集团(ing)年代影响(CDS)在人类基因组中,包括uORF翻译和翻译的非编码rna。与传统的cd,这些新发现的区域主要是编码短肽与未知函数。配备新cd注释与riboHMM预测,我们正在采取proteogenomics验证肽生产方法和汇集CRISPR淘汰赛屏幕识别健身这些小说编码区域的影响。
遗传学的翻译规则
基因变异的人口影响蛋白质翻译含有有价值的信息在一个变种会如何影响个体的幸福和更一般的翻译如何监管是基因组中编码。然而,发现因果变异是功能基因组学领域的一个关键挑战。我们使用cis-QTL映射方法来识别基因变异影响翻译的监管。我们以前的工作建立在稳定的细胞培养条件下,在转录水平散度跨细胞通常是减毒蛋白水平(战斗,王汗和et al ., 2015)。当我们能够描述整个基因组基因调控的一般趋势,我们无法确定因果基因变异影响这种监管。在大多数情况下,多个变体与观察到的影响。更好的RBP绑定和uORF注释可以帮助我们优先考虑相关的变体。变体的RBP绑定主题的基因利益更有可能影响翻译比远的基因变异与没有明确的功能注释。为此,我们正在致力于开发基因化验调查全基因组RBP绑定。此外,我们还riboHMM模型扩展到允许多个cd从每个记录更好地注释uORFs推论。 Finally, we are extending our QTL mapping study to investigate interactions between environmental stimuli and genetic variants. We are currently focusing on mapping genetic variants associated with translational stress response.
选定的出版物
王SH汗,萧CJ, Z, Pritchard JK。翻译后缓冲导致收敛灵长类动物之间的蛋白质表达水平。基因组医学杂志。2018;19:83。
Raj *,王SH*,垫片,Harpak李易,恩格尔曼氏B, et al。成千上万的小说翻译在人类开放阅读框架由核糖体足迹分析推断。eLife。2016;5:e13328。
战斗一个*,汗Z *,王SH*,Mitrano福特MJ, Pritchard JK,等。基因变异。监管RNA和蛋白质变化的影响。科学。2015;347:664-7。
*平等的贡献
